Аннотации примеры к статье: Страница не найдена – Диссертация

.

.

Ссылки на входные и выходные данные в наборах навыков – Azure Cognitive Search

• 09/29/2021
• Чтение занимает 3 мин

Оцените свои впечатления

Да Нет

Хотите оставить дополнительный отзыв?

Отзывы будут отправляться в корпорацию Майкрософт. Нажав кнопку “Отправить”, вы разрешаете использовать свой отзыв для улучшения продуктов и служб Майкрософт. Политика конфиденциальности.

Отправить

Спасибо!

В этой статье

Из этой статьи вы узнаете, как создавать ссылки на аннотации в определениях навыков, используя примеры для иллюстрации различных сценариев. По мере использования набора навыков для содержимого документа оно обогащается аннотациями. Аннотации можно использовать в качестве входных данных для дальнейшего нижестоящего обогащения или сопоставить с выходным полем в индексе.

Примеры в этой статье основаны на поле content, создаваемом автоматически индексаторами больших двоичных объектов Azure в рамках этапа распознавания документов. При создании ссылок на документы из контейнера больших двоичных объектов следует использовать формат

Базовые понятия

Перед рассмотрением синтаксиса давайте обсудим несколько важных концепций, чтобы лучше понимать примеры, приведенные далее в этой статье.

Термин	Описание
Обогащенный документ	Обогащенный документ — это внутренняя структура, которая создается и используется конвейером для хранения всех аннотаций, связанных с документом. Обогащенный документ можно представить в виде дерева аннотаций. Как правило, аннотация, созданная из предыдущей аннотации, становится дочерней для нее.Обогащенные документы существуют только при выполнении набора навыков. Когда произойдет сопоставление содержимого с индексом поиска, обогащенный документ больше не будет нужен. Несмотря на то, что вы не взаимодействуете с обогащенными документами напрямую, полезно иметь когнитивную модель документов при создании набора навыков.
Контекст обогащения	Контекст, в котором происходит обогащение, в рамках которого обогащается элемент. По умолчанию контекст обогащения находится на уровне "/document" с отдельными документами. При запуске навыка его выходные данные становятся свойствами определенного контекста.

Пример 1. Ссылка на простую аннотацию

Предположим, что в хранилище больших двоичных объектов Azure существует ряд файлов, содержащих ссылки на имена людей, которые вы намерены извлекать при помощи распознавания сущностей. В приведенном ниже определении навыка "/document/content" — это текстовое представление всего документа, а people — извлеченные данные с полными именами сущностей, которые определяются как пользователи.

Так как по умолчанию для context задано значение "/document", в качестве ссылки на список пользователей можно указать "/document/people". В этом случае "/document/people" представляет собой аннотацию, которую теперь можно сопоставить с полем в индексе или использовать в другом навыке из того же набора навыков.

  {
    "@odata.type": "#Microsoft.Skills.Text.V3.EntityRecognitionSkill",
    "categories": [ "Person"],
    "defaultLanguageCode": "en",
    "inputs": [
      {
        "name": "text",
        "source": "/document/content"
      }
    ],
    "outputs": [
      {
        "name": "persons",
        "targetName": "people"
      }
    ]
  }

Пример 2. Ссылка на массив в документе

Этот пример основан на предыдущем и в нем показано, как вызвать действие обогащения несколько раз для одного и того же документа. Предположим, что в предыдущем примере был сформирован массив строк с именами 10 пользователей из одного документа. Логичным следующим шагом будет повторное обогащение, в ходе которого из полного имени будет извлечена фамилия. Так как существует 10 имен, это действие требуется вызвать в документе 10 раз (по одному для каждого пользователя).

Чтобы вызвать нужное количество итераций, задайте для параметра context значение "/document/people/*", где символ звездочки ("*") представляет все узлы в обогащенном документе в качестве потомков "/document/people". Несмотря на то, что этот навык определяется только раз в массиве навыков, он вызывается для каждого элемента в документе, пока все элементы не будут обработаны.

  {
    "@odata.type": "#Microsoft.Skills.Custom.WebApiSkill",
    "description": "Fictitious skill that gets the last name from a full name",
    "uri": "http://names.azurewebsites.net/api/GetLastName",
    "context" : "/document/people/*",
    "defaultLanguageCode": "en",
    "inputs": [
      {
        "name": "fullname",
        "source": "/document/people/*"
      }
    ],
    "outputs": [
      {
        "name": "lastname",
        "targetName": "last"
      }
    ]
  }

Если аннотации представляют собой массивы или коллекции строк, может потребоваться выполнить операции над определенными элементами, а не над массивом в целом. В приведенном выше примере создается аннотация с именем "last" в каждом узле, представленном параметром context. Если потребуется добавить ссылку на это семейство аннотаций, используйте синтаксис "/document/people/*/last". Если потребуется добавить ссылку на определенную аннотацию, используйте явный индекс: "/document/people/1/last” для ссылки на фамилию первого пользователя, определенного в документе. Обратите внимание, что в этом синтаксисе массивы “проиндексированы от 0”.

Пример 3. Ссылка на элементы в массиве

Иногда необходимо сгруппировать все аннотации определенного типа для их передачи определенному навыку. Рассмотрим предполагаемый настраиваемый навык, который определяет наиболее распространенную фамилию среди всех фамилий, извлеченных в примере 2. Чтобы предоставить настраиваемому навыку только фамилии, укажите для параметра context значение "/document", а для входных данных — "/document/people/*/lastname".

Обратите внимание, что кратность "/document/people/*/lastname" превышает таковую для документа. Узлов фамилий может быть 10, в то время как для этого документа существует только один узел. В этом случае система автоматически создаст массив "/document/people/*/lastname", содержащий все элементы в документе.

  {
    "@odata.type": "#Microsoft.Skills.Custom.WebApiSkill",
    "description": "Fictitious skill that gets the most common string from an array of strings",
    "uri": "http://names.azurewebsites.net/api/MostCommonString",
    "context" : "/document",
    "inputs": [
      {
        "name": "strings",
        "source": "/document/people/*/lastname"
      }
    ],
    "outputs": [
      {
        "name": "mostcommon",
        "targetName": "common-lastname"
      }
    ]
  }

См. также раздел

Как добавить аннотацию к статье: изучите стратегии аннотации

Узнайте, как добавлять аннотации к статье с помощью этого руководства. Изучите эффективные стратегии для эффективного аннотирования с помощью онлайн-инструментов и т. Д .:

Независимо от того, являетесь ли вы студентом или профессионалом, умение комментировать, несомненно, станет ценным инструментом в вашем репертуаре. Аннотация – это активная стратегия обучения, которая поможет вам извлечь из любого текста максимальную пользу с точки зрения понимания и запоминания.

Изучение аннотации даст вам возможность лучше взаимодействовать с различными типами сложных материалов для чтения, такими как статьи, эссе, литературные тексты, исследовательские работы.Но что означает «аннотировать» и как вы это делаете?

Прочтите это руководство, чтобы узнать, что такое аннотация, почему она полезна и как добавлять примечания к статье или библиографии. Мы также добавили несколько полезных стратегий для эффективного аннотации.

Как сделать аннотацию к статье

Что означает “аннотировать”

«Аннотировать» означает просто «добавлять примечания». Это могут быть комментарии, объяснения, критика или вопросы, относящиеся к любому тексту, который вы читаете.

Чтобы аннотировать текст, вы обычно выделяете или подчеркиваете важную информацию и делаете заметки на полях. Вы можете комментировать разные тексты.

Будучи студентом, вы можете комментировать статей , сочинений или даже учебников . Студентам-исследователям, которые составляют длинный список источников для своей диссертации, будет полезно знать, как аннотировать библиографию .

Как профессионал, знание того, как комментировать, поможет вам легко понять и сохранить любую важную информацию из отчетов , или других официальных документов , которые вам, возможно, придется читать в процессе работы.

Рекомендуемое чтение = >> 10 лучших проверок и корректоров сочинений

Почему полезны аннотации

Хорошо аннотированный текст поможет вам лучше понять сложную информацию. Есть несколько причин, по которым вы должны аннотировать текст.

Немногие из них перечислены ниже:

• Аннотирование статьи позволяет вам ознакомиться с расположением и организацией ее содержания. Таким образом, при просмотре становится проще и быстрее находить важную информацию.
• Когда вы аннотируете текст, вы четко определяете и отделяете ключевые моменты от подтверждающих деталей или доказательств, что облегчает отслеживание развития идей и аргументов .
• Вы также можете использовать аннотации для создания организованной базы знаний путем структурирования или категоризации информации в удобном для доступа виде. Аннотирование особенно удобно, когда вам нужно извлечь важную информацию , например, соответствующие цитаты или статистику.
• Аннотирование – отличный способ активно взаимодействовать с текстом , добавляя свои собственные комментарии, наблюдения, мнения, вопросы, ассоциации или любые другие реакции, возникающие у вас при чтении текста.
• Аннотации особенно полезны, когда вам нужно работать с общим документом . Вы можете использовать аннотации, чтобы привлечь внимание вашей команды к определенной важной или интересной информации или даже начать групповое обсуждение определенной концепции, проблемы или вопроса.

Как делать аннотации

Аннотирование текста предполагает его «внимательное прочтение». В этом разделе вы найдете несколько примеров аннотированных текстов.

Пример аннотированной статьи: делает ли вас «наука» нравственным?

Пример аннотированного художественного текста: Аннотации к стихотворению – Дорога не пройдена

При добавлении аннотации к любому тексту выполните следующие основные действия:

Шаг 1: сканирование

Это действительно метод предварительного чтения.

• На первый взгляд, обратите внимание на заголовок текста и подзаголовки, если таковые имеются, чтобы определить тему текста.
• Проанализировать источник, то есть автора или издателя, чтобы оценить его надежность и полезность.
• Ищите аннотацию, если она есть, а также любые слова и фразы, выделенные жирным шрифтом или курсивом, которые могут дать дополнительные подсказки о цели текста и предполагаемой аудитории.

Шаг 2: Снимите

Используйте это первое чтение, чтобы быстро найти фокус текста, т. е.е. его основная идея или аргумент. Сделайте это, прочитав только первые несколько строк каждого абзаца.

• Определите и выделите / подчеркните основную идею.
• Напишите краткое содержание (всего одно или два предложения) по теме своими словами, на полях или вверху рядом с заголовком.

Шаг 3: прочитать

Второе прочтение текста – более медленное и более тщательное чтение. Теперь, когда вы знаете, о чем идет речь в тексте, а также какую информацию вы можете ожидать встретить, вы можете читать его более осознанно и обращать внимание на важные и / или интересные детали.

• Определите и выделите / подчеркните подтверждающие моменты или аргументы в основных абзацах, включая соответствующие доказательства или примеры.
• Перефразируйте и обобщите основную информацию на полях.
• Запишите любую незнакомую или техническую лексику.
• Запишите вопросы, которые приходят вам в голову во время чтения, любую путаницу, ваше согласие или несогласие с идеями в тексте.
• Делайте личные заметки – напишите свое мнение, свои мысли и реакции на информацию в тексте.
• Нарисуйте связи между различными идеями либо в самом тексте, либо с идеями в других текстах или обсуждениях.

Шаг 4: Схема

Чтобы действительно укрепить ваше понимание содержания и организации текста, напишите план, отслеживая точки, в которых вводятся новые идеи, а также точки, где эти идеи развиваются.

Эффективный план будет включать:

• Краткое изложение основной идеи текста.
• Подтверждающие аргументы / доказательства.
• Противоположные точки зрения (если применимо)
• Заключение

Что такое аннотированная библиография

A Библиография – это список книг (или других текстов), упомянутых или цитируемых в академических текстах, таких как эссе, диссертации и исследовательские работы, который обычно включается в конце текста. Он также известен как Список ссылок или Список цитируемых работ , в зависимости от стиля форматирования.

Чаще всего используются стили форматирования APA (Американская психологическая ассоциация) и MLA (Ассоциация современного языка). Формат может варьироваться в зависимости от учреждения или публикации, однако для каждой отдельной ссылки или цитаты в библиографии требуется одна и та же основная информация.

Сюда входят:

• Имя автора
• Название текста
• Дата публикации
• Источник публикации, т. Е.журнал, журнал или веб-сайт, на котором опубликован текст

Аннотированная библиография содержит, помимо основной информации, приведенной выше, описательное резюме, а также оценку каждой отдельной статьи. Целью этого является информирование читателя об актуальности, точности и надежности каждой ссылки или цитаты.

Аннотированная библиография называется « Аннотированный список ссылок » или « Аннотированный список цитируемых работ », которые могут быть перечислены в алфавитном порядке по автору, названию, дате публикации или даже по теме.

Давайте посмотрим на пример записи в аннотированной библиографии, отформатированной в стилях APA и MLA.

Пример аннотированной библиографии в стиле APA:

Пример аннотированной библиографии в стиле MLA:

Стратегии аннотации

В зависимости от того, читаете ли вы печатный или онлайн-текст, вы можете комментировать вручную, используя канцелярские принадлежности и / или символы, или используя программы для работы с документами.

Следующие стратегии помогут вам комментировать во время чтения:

# 1) Использование ключа / легенды

Создайте ключ или легенду для аннотирования вашего текста с помощью различных типов маркировки и укажите, какой тип информации обозначает каждая маркировка. Это поможет легко находить соответствующие фрагменты контента и получать к ним доступ.

Например, позволяет подчеркивать ключевые моменты, выделять цитаты или статистику и обводить незнакомые слова / фразы. Вы также можете использовать знаки препинания – вопросительные знаки для того, что пробуждает у вас любопытство при чтении; восклицательные знаки для чего-то, что привлекает ваше внимание или, возможно, вас удивляет; стрелки, которые связывают контент с другими точками или идеями в тексте или за его пределами.

# 2) Использование канцелярских принадлежностей

Перья и маркеры чаще всего используются для выделения или подчеркивания ключевых моментов в тексте. Однако это наименее активные способы взаимодействия с любым текстом, и вы можете в конечном итоге выделить или подчеркнуть больше текста, чем необходимо.

Также не всегда можно использовать ручки и маркеры для печати текста. Возможно, вам придется вернуть книгу или журнал в библиотеку. Например, в таких случаях всегда можно использовать стикеры.

Если вы используете маркеры и / или стикеры, используйте разные цвета для разных типов аннотаций в тексте. Например, используйте зеленый цвет для определений и объяснений, желтый для вопросов и розовый для личных заметок.

# 3) Использование онлайн-инструментов

Если вы знаете, как добавлять примечания к тексту, вы также можете сделать это онлайн! Существуют различные мобильные приложения и онлайн-программы, которые могут помочь вам комментировать цифровые документы, такие как PDF-файлы, онлайн-статьи и веб-страницы.

для цифровых аннотаций позволяют размечать онлайн-текст, добавляя примечания и комментарии, выделяя ключевую информацию и делая снимки экрана. Они также позволяют выполнять различные другие задачи, включая рисование, создание закладок и обмен веб-страницами. Они особенно полезны, когда вам нужно работать над общими документами с командой.

Вот список наиболее часто используемых инструментов для цифровых аннотаций:

Некоторые из этих инструментов для цифровых аннотаций бесплатны, например Diigo и A.nnotate , в то время как другие, такие как Filestage и Cronycle , являются платными инструментами. Вы также можете загрузить расширения, которые позволят вам аннотировать веб-страницы, например hypothes.is , бесплатное расширение для браузера, или Grackle , дополнительный инструмент для Google Docs.

Рекомендуемая литература = >> Лучшие онлайн-приложения для проверки пунктуации

Часто задаваемые вопросы

Q # 1) Как вы делаете аннотации шаг за шагом?

Ответ: Вот как добавить аннотацию к статье в три простых шага:

• Во-первых, прежде чем читать статью полностью, поищите некоторую основную важную информацию, такую ​​как название и автор, подзаголовки, если уместно.Это даст вам представление о теме и целевой аудитории статьи.
• Во-вторых, пролистайте статью, чтобы выявить основную идею вместе с подтверждающими аргументами или доказательствами.
• В-третьих, внимательно прочитайте статью, отмечая больше деталей, таких как комментарии, вопросы и ваши личные ответы на статью.

Q # 2) Каковы преимущества аннотации?

Ответ:

• Если вы знаете, как комментировать текст, вы можете активно взаимодействовать с информацией, представленной в любом тексте, и понимать ее.
• Аннотация знакомит вас с организацией информации, чтобы вы могли следить за развитием идей в тексте.
• Знание того, как аннотировать статью текста, полезно при просмотре, поскольку вы можете легче и быстрее получить доступ к релевантной информации.
• Аннотирование также упрощает и повышает эффективность совместной работы с другими пользователями над общими документами.

Q # 3) Какие 5 различных способов аннотировать?

Ответ: Есть много способов аннотировать текст или статью. Например:

• Выделите и / или подчеркните важную информацию.
• Перефразируйте и / или резюмируйте ключевые моменты.
• Сделайте пометки на полях.
• Напишите набросок текста.
• Используйте онлайн-инструменты для добавления комментариев к веб-страницам, онлайн-статьям и PDF-файлам.

Q # 4) Какие существуют стратегии аннотации?

Ответ: Вы можете получить максимальную отдачу от аннотирования текста, добавив ключ или легенду, в которой используются разные отметки для разных типов информации.Вы также можете эффективно использовать ручки, маркеры и наклейки, назначая разные цвета для разных целей.

Если вы работаете с онлайн-документами, вы можете использовать программное обеспечение для цифровых аннотаций, такое как Diigo и A.nnotate , или бесплатные расширения / надстройки, такие как hypothes. Is или Grackle .

Q # 5) На что следует обращать внимание при аннотации?

Ответ: При комментировании любого текста обратите внимание на следующее:

• Ключевые моменты i. е. основные или важные идеи.
• Вопросы, которые возникают у вас при чтении.
• Повторяющиеся темы или символы.
• Котировки или статистика.
• Незнакомые и технические концепции или терминология.
• Ссылки на идеи в текстах или связанные с опытом.

Заключение

Есть несколько преимуществ в том, чтобы научиться комментировать статью во время чтения. Чем больше вы практикуетесь, тем эффективнее вы станете аннотировать, что улучшит то, насколько легко и быстро вы сможете понимать текст, который вы читаете.

Подводя итог, для аннотирования текста:

• Прочтите текст один раз, чтобы понять тему статьи, выделяя только важную информацию, такую ​​как фокус текста и основная идея, на основе заголовка и подзаголовков.
• Прочтите текст еще раз, выделяя или подчеркивая во время чтения, чтобы определить и обобщить соответствующую информацию, такую ​​как подтверждающие аргументы или доказательства.
• Делайте заметки, добавляйте комментарии и вопросы, в том числе личные ответы на текст.

лучших советов о том, как аннотировать статью

Аннотации – это важный навык, который позволяет студентам максимально использовать чтение, сделанное для их курсов в колледже. Комментируя, человек критически проверяет прочитанный текст и делает полезные заметки. Аннотированная статья помогает лучше понять материал, может стать частью академического исследования и облегчить процесс подготовки к тестам.

Что значит аннотировать статью? Как вы делаете эффективные заметки? Можно ли комментировать тексты онлайн? Ответы на эти и другие вопросы вы найдете в нашей статье.

Что такое аннотирование статьи?

Аннотация – это стратегия активного чтения. Это означает, что, читая текст, вы добавляете к нему примечания, оставляете комментарии, пояснения, мнения, вопросы или ассоциации. Навык аннотации может потребовать некоторой практики, но он позволяет лучше понять сложные материалы и помогает легко и быстро находить важную информацию при просмотре. Делая заметки, вы знакомитесь не только с содержанием статьи, но и с ее организацией.

Правильно аннотированная статья выполняет следующее:

• четко определяет местонахождение важной информации;
• выражает все основные идеи;
• прослеживает, как аргументы или идеи развиваются по всему тексту;
• знакомит с реакциями и мыслями читателя.

Как эффективно писать аннотации?

Мы рекомендуем вам прочитать текст один раз, прежде чем начинать делать заметки. Вы можете обвести только новые понятия или словарный запас, если это необходимо.Это позволит вам понять основные идеи статьи и заметить, где находится самая важная информация. Когда вы перечитываете текст, создание аннотации должно быть более эффективным.

Дальнейшие записи можно делать следующими способами:

Подчеркивание или выделение основных идей или ключевых фраз и слов является наиболее распространенной формой аннотирования текста. Многие студенты делают это, чтобы облегчить процесс подготовки к экзаменам. Выделение также хорошо работает, когда вы выбираете цитаты или отрывки, чтобы использовать их в своей письменной работе.Однако у этого метода есть определенные недостатки. Во-первых, люди склонны выделять или подчеркивать больше, чем это действительно необходимо. Во-вторых, эта форма аннотации менее активна, чем другие. Он не требует много размышлений или взаимодействия с утверждениями и идеями в тексте. Напротив, выделение только откладывает этот процесс. Вместо того, чтобы делать весь текст похожим на радугу, вы можете использовать маркер только для выделения частей, о которых стоит делать заметки.

• Обобщение / перефразирование ключевых идей

Определение основных идей вашего текста – это только первый шаг.Чтобы выйти за рамки, вы можете перефразировать идеи, чтобы уловить их смысл и укрепить свое понимание. Он также отлично подходит для подготовки к письменной работе, основанной на чтении. Краткие заметки, написанные на полях страницы, вместе с ключевыми понятиями, уже составляют краткое изложение. Если вы сможете выразить суть абзаца или предложения в нескольких словах, не составит труда продемонстрировать глубокое понимание в вашей письменной работе.

Эта форма аннотации показывает, как организован текст.По сути, вам нужно разбить статью, чтобы показать, где каждая идея представлена ​​и где она развивается. Описательный план направлен на то, чтобы показать вам, где находятся не только ключевые идеи, но также факты, детали и объяснения, подтверждающие их.

Вот на чем делается упор в описательном плане в отдельных разделах и параграфах: краткое изложение темы, введение идеи, предоставление объяснений, предоставление примеров и доказательств, ограничение или расширение идеи, рассмотрение противоположной точки зрения, переход, утверждение выводы и т. д.

Чтобы сделать еще больше, вы можете отметить собственную реакцию на статью, такую ​​как ваше согласие или несогласие, ассоциации, вопросы, идеи из других статей, которые соответствуют этой, обсуждения в классе и т. Д. Это хороший способ начать формирование Суть вашего будущего письменного задания, основанного на целом тексте или на некоторых его идеях.

Как аннотировать статьи в Интернете?

Аннотация статьи не обязательно должна быть написана от руки. Существует множество различных мобильных приложений и онлайн-инструментов, которые могут помочь вам с этой задачей.Они удобны, с ними легко работать, и они легко визуализируют ваши заметки. Вы можете скачать свой письменный образец в виде документа Word или PDF, работать со скриншотами и веб-страницами или загрузить на свой компьютер специальное расширение.

Хорошим примером бесплатного инструмента является надстройка для Google Docs под названием Grackle Marks. Хорошая (но платная) про-версия – Newsela. Другие хорошие варианты – Scribble, Diigo, Hypothesis и Notable.

Написание аннотации к статье: Резюме

Наши авторы эссе уверены, что при некоторой практике вы увидите все преимущества аннотаций и сочтете процесс их написания удобным и увлекательным.Подведем итог, что вам нужно сделать, чтобы аннотировать статью:

1. Прочтите текст один раз. Не делайте важных заметок, отмечайте только незнакомые понятия или слова. Отметьте ключевые идеи.
2. Прочтите статью еще раз. Приготовьтесь делать письменные заметки или выберите онлайн-инструмент, который вам поможет.
3. Выделяет ключевые слова и идеи, перефразирует их, работает с каждой отдельной частью текста и добавляет личные комментарии.

Аннотированная библиография | Национальный день истории

Чикагское руководство по стилю – это стиль, наиболее часто используемый профессиональными историками при написании и публикации своих работ.В настоящее время Правила соревнований NHD разрешают цитирование в стиле Чикаго или стиле MLA, но этот ресурс ориентирован на стиль Чикаго.

По мере того, как вы завершите свое исследование, вы должны отсортировать его по первичным и вторичным источникам. Полные определения первичных и вторичных источников, а также полный набор Правил конкурса можно найти на сайте nhd.org/rules.

Что такое аннотированная библиография (цитаты)

Создание аннотированной библиографии

Вы должны составить библиографию по мере проведения исследования.Проще говоря, если вы дождетесь конца вашего проекта, эта задача будет запутанной, запутанной и сложной. Легко забыть об источниках, перепутать один источник с другим и совершить простые ошибки. Давайте начнем с совместного цитирования простого источника.

Когда вы начинаете цитировать, вам доступны два варианта. Первый вариант – составить библиографию самостоятельно. Второй вариант – использовать NoodleTools или другие генераторы онлайн-библиографии, чтобы создать отточенную, точную аннотированную библиографию, а также отслеживать в карточках заметок цитаты и пересказы, а также то, где вы их нашли в своих источниках.Поскольку он хранится на сервере, вам не нужно беспокоиться о том, что в вашем рюкзаке взорвется бутылка с водой и ваши записи промокнут – материалы всегда под рукой, когда вы входите в компьютер или через планшет.

Допустим, я исследую Панамский канал и нашел книгу Эдмунда Морриса о президенте Теодоре Рузвельте под названием Theodore Rex . В то время как я бегло просматриваю книгу, чтобы понять цель и аргументы автора, я хочу использовать Оглавление или Указатель, чтобы сосредоточиться на разделе, относящемся к моему исследованию.Используя указатель, я могу перейти к разделу книги, где к президенту Рузвельту обращается Филипп Буно-Варилла по поводу плана получить контроль над каналом, который французская компания начала рыть.

Чтобы процитировать книгу, мне нужно пять ключевых элементов:

• Имя (имена) автора (ов)
• Полное название книги
• Город, в котором оно было опубликовано
• Название компании или университета, выпустившего книгу
• Самая последняя дата защиты авторских прав на книгу.

Если бы я делал это сам, я бы перечислил это так:

Моррис, Эдмунд. Теодор Рекс . Нью-Йорк: Random House, 2001.

Цитирование источников в исторических документах NHD

При написании статьи NHD у вас есть два варианта цитирования ваших источников. В этом разделе рассматривается создание сносок. Обратите внимание, что также уместно использовать ссылки в скобках, описанные в разделе веб-сайта. Любой из них уместен, но выберите один и следуйте этому методу.

Большинство историков используют сноски, когда пишут статью, статью или книгу. Сноски позволяют отслеживать источники, не прерывая поток статьи. Если моя статья о Теодоре Рузвельте и его внешней политике в отношении Германии содержит текст:

Рузвельт «видел надвигающийся кризис в течение одиннадцати месяцев» [1]. Он опасался, что Германия может вторгнуться в Венесуэлу, если они не выплатят свои долги.

Совет. Позвольте текстовому процессору вставить сноску за вас.Он сделает это автоматически, и если вы вставите его в середину листа, он автоматически изменит нумерацию для вас. Вы можете найти кнопку «вставить сноску» в справочном разделе меню. Если вам нужны пошаговые инструкции, просто перейдите в меню справки и введите «вставить сноски».

В ПЕРВЫЙ раз, когда я использую этот источник (в данном случае это книга) в сноске, моя полная сноска будет выглядеть так (см. Сноску номер один ниже). В сноске указываются автор, название книги, основная информация о публикации, а также страница (или диапазон страниц), на которой можно найти мою цитату.Это похоже на вашу цитату в вашей библиографии, но не совсем то же самое.

Если вы позже снова воспользуетесь этим источником в своей статье, это будет намного проще. Предположим, что позже в своей статье я напишу предложение:

Рузвельт знал, что он должен занять твердую позицию, и выступал за «грубую силу», чтобы не допустить немцев в Латинскую Америку. [2]

Как вы можете видеть в сноске 2 ниже, мне просто нужно включить сокращенную сноску с фамилией автора, названием книги и номером страницы или диапазоном страниц, на которых я нашел свою информацию.

На следующей странице приведены примеры того, как делать сноски для наиболее распространенных типов источников, которые вы будете использовать в своей статье о NHD. NoodleTools предоставит вам полную и сокращенную сноску для каждого источника.
________________________________

[1] Эдмунд Моррис, Теодор Рекс, (Нью-Йорк: Современная библиотека, 2001), 177.

[2] Моррис, Теодор Рекс , 178.

[1] См. Моррис, главы 21 и 22, чтобы узнать больше о первом правительстве Теодора Рузвельта (1901–1904).

Перефразирование – это когда вы используете свои слова, чтобы передать чужие идеи.

Давайте возьмем для примера артикул Lusitania . Совершенно уместно написать в своей газете, что:
Lusitania была сбита немецкой подводной лодкой в ​​14:33, и новости о потоплении были опубликованы по всему миру. Был призван рыболовецкий флот, чтобы помочь спасти как можно больше пассажиров в Северной Атлантике. [3]

Цитаты блока

Если у вас есть цитата, которая занимает более двух строк на странице, ее следует преобразовать в цитату блока.Обратите внимание, что такие цитаты следует использовать очень редко, но они могут быть эффективными. Цитата блока должна выглядеть так:

Конституция Соединенных Штатов определила слабость Статей Конфедерации в преамбуле, состоящей из одного предложения,

Мы, народ Соединенных Штатов, чтобы сформировать более совершенный союз, установить справедливость, обеспечить внутреннее спокойствие, обеспечить общую защиту, способствовать общему благосостоянию и обеспечить благословение свободы для себя и нашего потомства, и утвердить эту Конституцию для Соединенных Штатов Америки.[4]

Это предложение, которое многие запомнили…

Блочные кавычки имеют одинарный интервал, табуляцию на полдюйма от левой стороны страницы и не требуют кавычек вокруг них. В конце всегда должна быть сноска с указанием источника. После цитаты продолжайте печатать, используя двойной интервал.

Должен ли я цитировать каждое предложение моей статьи?

Нет, не надо. Часто вы обнаруживаете, что серия предложений (или даже целый абзац) основана на содержании из одного источника.Когда это произойдет, сообщите вашему читателю, что следующая информация поступила из определенного источника, а затем процитируйте ее один раз в конце последнего предложения. Также обратите внимание, что ваш тезис и ваши аргументы должны быть вашей оригинальной работой и не должны приписываться другому автору.

Что, если вся информация, цитаты и пересказы в одном абзаце взяты из одного источника? Как мне это процитировать?

Просто процитируйте один раз в конце абзаца.
________________________________

[3] «Лайнер« Лузитания », потопленный немецким подводным флотом, спешит на помощь», Washington Times , 7 мая 1915 г.

[4] Конституция Соединенных Штатов Америки.

Ссылки на источники на выставках и на сайтах

Когда вы используете материалы других людей на выставках или веб-сайтах, вам НЕОБХОДИМО указывать свои источники, а краткие ссылки на источники НЕ учитываются при подсчете слов. Вы просто добавляете минимальный объем информации, который позволит зрителю найти источник в вашей аннотированной библиографии.

Печатные источники следует процитировать с указанием автора, названия и даты (если таковая имеется). Пример:

«Есть опасность… им еще далеко. Партия женщин должна решить, сможет ли она каким-либо образом участвовать в предстоящей борьбе за устранение оставшихся форм подчинения женщин ». (Алиса Пол, Суфражистка , 1921)

Если бы я решил использовать эту цитату, то я ожидал бы найти цитату, которая покажет, откуда этот текст (я мог бы найти его в книге, на веб-сайте или в статье) и куда я мог бы пойти, если Мне нужен был полный текст того, что Алиса Пол сказала в 1921 году.

Визуальные источники (фотографии, рисунки, карты, диаграммы, графики и т. Д.) Цитируются аналогичным образом. Вы хотите упомянуть контент (кто / что на изображении), указать дату, если таковая имеется, и где ВЫ нашли изображение. Обратите внимание, что Google и другие поисковые системы НЕ являются надежными источниками. Сказать, что вы получили свою фотографию из Google, – все равно что сказать, что вы получили цитату из библиотеки. Точно так же, как вам нужно сообщить нам, из какой книги в библиотеке взято ваше предложение, вам также необходимо сообщить нам, на каком веб-сайте вам было доступно это изображение.

Алиса Пол, 1918, Библиотека Конгресса
* Этот источник обязателен и НЕ учитывается при подсчете количества слов.

Элис Пол отвечала за кампанию за избирательное право женщин и принятие Поправки о равных правах.
* Это ДЕЙСТВИТЕЛЬНО засчитывается в счет лимита слов, потому что показывает анализ и интерпретацию.

Источники кредитования в выступлениях

Когда вы создаете перформанс или документальный фильм, вам не нужно активно указывать источники во время презентации, потому что это нарушит ход вашего выступления.

Бывают случаи, когда вам нужно сделать ссылку на источник, особенно когда вы ссылаетесь на материал из первоисточника. Уместно было бы упомянуть в спектакле: «Я написал письмо королю Георгу с требованием рассмотреть мои претензии…». Тогда судья ожидает найти письмо или серию писем, которые вы нашли в своем исследовании и процитировали в своей библиографии. Нет необходимости останавливаться, чтобы устно цитировать источники – если у судей есть какие-либо вопросы, они могут ответить на них в интервью в конце вашего выступления.

Источники финансирования в документальных фильмах

Вы НЕ обязаны цитировать изображения или видеоклипы, когда они появляются на экране. Вы можете добавить теги в нижнюю часть экрана, чтобы сделать изображение или видеоклип более понятным. Например, вы можете захотеть добавить имя выступающего или соответствующую историческую дату во время определенного видеоклипа или неподвижного изображения.

В конце документального фильма вы должны включить список соответствующих аудио и визуальных источников, которые вы включили в свой документальный фильм.Это не повторение вашей библиографии. Просто назовите основные места ваших изображений. Типичный список может включать изображения из Британского музея, Смитсоновского института, Управления национальных архивов и документации, Библиотеки Конгресса, NBC News или Национального музея Первой мировой войны. Опять же, если у судей есть вопросы по определенному визуальному или звуковому выбору, они могут ответить на него в интервью в конце вашего документального фильма.

Как добавлять аннотации к статьям для обзора литературы

Аннотирование статей и других источников для обзора литературы является важным, если не жизненно важным аспектом диссертационного процесса.Это позволяет вам быстро вспомнить информацию о статьях, которые вы читали и цитировали в своем документе, а также поможет вам организовать части вашего документа. Поскольку создание аннотаций может быть очень полезным для вашей диссертации, важно знать лучшие методы для этого.

Узнайте, как мы помогаем редактировать главы вашей диссертации

Согласование теоретической основы, сбор статей, обобщение пробелов, формулирование четкой методологии и плана данных, а также описание теоретических и практических последствий вашего исследования – это часть наших комплексных услуг по редактированию диссертаций.

• Своевременно вносить экспертизу по редактированию диссертаций на главы 1-5.
• Отслеживайте все изменения, а затем работайте с вами, чтобы писать научные статьи.
• Постоянная поддержка по обратной связи с комитетом, сокращение количества исправлений.

Чтобы успешно комментировать статьи, полезно сначала подумать и записать пару вопросов о том, что вы прочитали или собираетесь прочитать: О чем эта статья , какой тип информации был предоставлен (был это обзор литературы, исследование и т. д.) и , насколько это соответствует вашему исследованию . Также может оказаться полезным прочитать каждую статью, уже имея в виду эти вопросы, чтобы помочь вам определить ключевую информацию по мере прохождения. После того, как вы определили эту информацию, вы можете делать заметки, выделять или подчеркивать или использовать любой другой метод, который вы предпочитаете, чтобы убедиться, что вы можете запомнить и вернуться к этой информации позже.

Как вы уже догадались, ответы на приведенные выше вопросы помогут составить аннотации.Ответы на них помогут вам создать основу для аннотации, и оттуда будет легче разветвляться и добавлять дополнительную информацию. Другая информация, которую можно добавить к аннотациям, включает цель статьи, вопросы исследования, методологию и результаты. Также может быть полезно упомянуть раздел «Рекомендации для дальнейших исследований» (если он есть) и ограничения, если ваше исследование поможет их устранить. В целом ваши аннотации должны состоять примерно из 2–3 абзацев на статью.

Наконец, после того, как вы закончите аннотации, вы можете использовать их для систематизации частей вашей диссертации, таких как Обзор литературы, а также для создания основы для обсуждения и синтеза ваших статей.

границ | ECO-CollecTF: Корпус аннотированных доказательных утверждений в биомедицинских рукописях

Введение

Ученые-биологи становятся все более зависимыми от доступности стандартизированной научной информации для вывода новых знаний из высокопроизводительных экспериментов (Маркс, 2013; Решетова и другие., 2014). Эти стандартизированные знания в значительной степени основаны на информации, полученной кураторами-экспертами из журнальных статей (Hirschman et al., 2012; Verspoor et al., 2012; Kwon et al., 2018). Поскольку кураторы не успевают за объемом публикуемых статей, автоматический анализ текста играет важную роль в курировании (Hirschman et al., 2012; Verspoor et al., 2012; Kwon et al., 2018; Kim et al., 2008; Исламадж Доган и др., 2017а). Биомедицинский анализ текста включает в себя разнообразную палитру методов машинного обучения (Aggarwal, Zhai, 2012; Jovanović, Bagheri, 2017; Wei et al., 2019; Чен и др., 2020; Zhang et al., 2019; Ли и др., 2019). Широко признано, что вручную созданные биомедицинские корпуса золотого стандарта являются ключевыми ресурсами для разработки биомедицинских систем интеллектуального анализа текста, позволяя обучать и настраивать методы интеллектуального анализа текста для достижения оптимальной производительности (Verspoor et al., 2012; Islamaj Dogan et al. ., 2017a; Wei et al., 2019; Zhang et al., 2019; Chen et al., 2020).

Стандартизированная научная информация и контролируемые словари определяют отношения между интересующими биологическими объектами или их ролями, характеристиками или биологическими атрибутами.Например, один тип аннотации, важный для открытия биомедицинских знаний, связывает генные продукты с их молекулярными функциями, биологическими процессами и местоположением в клетке, как определено в Онтологии генов (GO) (Barrell et al., 2009). Во время аннотации кураторы изучают утверждения на уровне предложений в журнальных статьях и используют предложения вместе с соответствующими экспериментальными данными для создания аннотаций (Chibucos et al., 2014a; Doan et al., 2014). Сбор подтверждающих экспериментальных данных позволяет читателям и алгоритмам оценивать надежность аннотаций и, таким образом, имеет решающее значение для повышения достоверности информации, извлеченной из текста во время курирования (Chibucos et al., 2014а; Кларк и др., 2014). Таким образом, свод стандартизированных биомедицинских знаний должен содержать аннотации к утверждениям, основанным на фактах. Эти утверждения должны содержать как утверждения, так и четкие ссылки на подтверждающие их доказательства. Несмотря на то, что были предприняты усилия по продвижению и оценке обнаружения экспериментальных доказательств (Krallinger et al., 2008), существует явная потребность в создании более полных ресурсов и схем текстовых аннотаций для информации об экспериментальных доказательствах.

В этой работе мы представляем корпус ECO-CollecTF, новый биомедицинский корпус, содержащий высококачественные аннотации предложений из публикаций, которые конкретно описывают доказательства биологических утверждений.Эти аннотации доказательств собраны с использованием Онтологии доказательств и заключений (ECO) (Giglio et al., 2019), всеобъемлющего набора терминов, описывающих типы доказательств и взаимосвязи между ними. В ОЭС доказательство определяется не просто как метод, а как использование метода, позволяющего сделать вывод. Корпус ECO-CollecTF использует термины доказательств ОЭС для предоставления аннотаций для утверждений, основанных на доказательствах: утверждений, которые делают утверждение, основанное на явно заявленных доказательствах.Многие корпуса были созданы для достижения ряда целей (IslamajDogan et al., 2017a; Doan et al., 2014; Pyysalo et al., 2007; Rebholz-Schuhmann et al., 2007; Vincze et al., 2008; Gerner et al., 2010; Bada et al., 2012; Pafilis et al., 2013; Van Auken et al., 2014; Pyysalo et al., 2015; Hicks et al., 2018; Ohta et al., 2012), но только несколько корпусов включили аннотацию доказательств как часть процесса курирования. В Ржецком и др. (2009) Ржецкий и его коллеги аннотировали свидетельства, используя набор из четырех категорий свидетельств, которые он сам определил.В другой работе использовались коды доказательств GO, которые сопоставляются с терминами высшего уровня в ОЭС и, следовательно, предполагают существенное обобщение в процессе картирования (Crangle et al., 2007; Van Auken et al., 2014). Недавно аннотация микробных фенотипов в журнальных статьях была предпринята с использованием терминов ОЭС, но итоговый корпус еще не доступен (Siegele et al., 2019). Следовательно, на сегодняшний день нет доступного корпуса, который содержит аннотации конкретно к заявлениям о доказательствах и которые основаны на обширном диапазоне терминов доказательств в ОЭС.

Опубликованный здесь выпуск корпуса ECO-CollecTF содержит 84 документа. Каждый документ в корпусе был независимо аннотирован как минимум тремя кураторами в соответствии с инструкциями и обучающими материалами, доступными в этом выпуске. Корпус был разработан для поддержки принципов FAIR (Wilkinson et al., 2016). Он доступен в BRAT (Stenetorp et al., 2012), стандартном формате de facto для биомедицинских корпусов, а также в BioC (Comeau et al., 2013), формате, разработанном для взаимодействия биомедицинского интеллектуального анализа текста, по подсказке инициатива BioCreative.Постоянный открытый доступ и свободно доступная версия корпуса доступна через веб-сайт ОЭС (http://evidenceontology.org/annotation_resources/) и депонирована в Zenodo для сохранения (DOI: 10.5281 / zenodo.4568935).

Кроме того, в отличие от большинства других биомедицинских корпусов, мы предоставляем аннотации от каждого куратора отдельно вместо согласованного корпуса. Такое расположение позволяет другим исследователям использовать отдельные аннотации для создания согласованного корпуса любым способом, который они выберут.Это также позволяет исследователям независимо оценивать согласованность корпуса, используя выбранную меру Inter-Annotator Agreement (IAA). Учитывая внутреннюю связь нашего корпуса с ECO, здесь мы вводим, развертываем и эмпирически классифицируем модификацию метрики Cohen K IAA (Cohen, 1960), которая присваивает теоретические веса информации узлам онтологии для принципиальной оценки разногласий. Кроме того, мы используем разработку корпуса для улучшения ECO, предоставляя примеры использования из выбранных аннотаций.Следовательно, эта работа предлагает корпус, который является новаторским с точки зрения целевого предмета, его тесной интеграции с целевой онтологией, доступности всех аннотаций куратора, а также использования и характеристики новой метрики для оценки IAA в аннотациях на основе онтологий. настройки.

Материалы и методы

Предварительный обзор и область применения

Аннотирование утверждений свидетельств, связанных с биологическими утверждениями в научном тексте, является сложной задачей, обусловленной необходимостью правильно определить объекты, которые должны быть аннотированы, и адекватно сузить область аннотации в осуществимый процесс.Чтобы определить, что будет аннотироваться, и объем задачи, мы провели предварительный обзор и аннотации трех отложенных статей.

Результатом предварительного обзора стал сборник примеров, набор руководящих принципов и учебных документов, а также определение процесса курирования, которое обсуждается ниже. Три отложенные статьи, использованные для обзора, были сохранены в качестве учебных документов для кураторов, присоединившихся к команде.

Рекомендации и схема аннотаций

В этом разделе описаны рекомендации по аннотациям (дополнительный материал 1).В руководстве описывается основной процесс аннотации (рисунок 1) и определяются основные элементы аннотации: выбор предложений, типы свидетельств, объекты утверждения и квалификаторы аннотации.

РИСУНОК 1 . Схема процесса аннотации свидетельских показаний. Прямоугольники указывают этапы аннотации, основанные на вопросах. Стрелки показывают альтернативные пути потока. Аннотируются только утверждения свидетельств, которые используются для поддержки определенного набора типов утверждений.

Выбор предложения

Чтобы создать практически пригодный для использования ресурс, мы ограничили корпус аннотацией терминов ОЭС, когда описание свидетельства и его использование для утверждения о какой-либо сущности четко сформулированы и самодостаточны в предложении или в соседней паре предложений.Таким образом, должны быть выполнены следующие требования:

• Исходя из местного контекста, мы можем определить, что делается описание свидетельства.

• В рамках одного и того же местного контекста (предложение или пара последовательных предложений) некоторые утверждения сделаны на основе свидетельств. То есть авторы заявляют о каком-либо объекте, и прямо заявлено или очевидно, что это заявление основано на доказательствах.

Каждому появлению доказательства и утверждения в предложении или паре дается отдельная аннотация.Следовательно, несколько аннотаций могут быть результатом одного предложения или пары предложений, как показано на рисунке 2A.

РИСУНОК 2 . Пример аннотации генного продукта. (A) Несколько аннотаций в одном предложении с категорией «Биологический процесс». (B) Аннотация с категорией молекулярной функции. (C) Аннотация с категорией сотовых компонентов. Сегменты текста в предложении, отображающем термины ОЭС (зеленые прямоугольники), выделены зеленым. Сегменты текста, указывающие категорию утверждения (красные поля), выделены красным.Термин ECO, достоверность сопоставления ECO, категория и сила утверждения отображаются под аннотированным текстом.

Аннотации категорий интересов

Мы делаем аннотации только тогда, когда тип объекта, в отношении которого что-то утверждается, является одной из следующих категорий интересов.

• Генный продукт. Сущность утверждения – продукт гена – белок или РНК. Обычно это сюжеты акции или локации. Есть три категории интересов для генных продуктов, основанные на трех суб-онтологиях генной онтологии.

• Биологический процесс (субонтология GO «Биологический процесс») (рис. 2А).

• Молекулярная активность (молекулярная функция субонтологии GO) (рис. 2B).

• Местоположение (сотовый компонент субонтологии GO) (рисунок 2C).

• Особенности биологической последовательности. Объектом является ДНК, РНК или характеристика последовательности белка (например, промоторный элемент, домен белка или начало репликации в хромосоме) (рис. 3A). Для справки мы используем класс Sequence Ontology (Eilbeck et al., 2005) sequence_feature class.

• Фенотипы и признаки. Утверждается, что это фенотип (например, способность расти на ацетате в качестве источника углерода) (рис. 3B). Для справки мы используем «Онтологию микробных фенотипов» (Chibucos et al., 2014b).

• Таксономические и филогенетические объекты. Утверждается, что это таксономическое присвоение (например, определение порядка, к которому принадлежит вид, или основанное на филогенезе утверждение о гене, такое как ортология) (рис. 3C).

РИСУНОК 3 . Примеры аннотаций с аннотациями негенных продуктов. (A) Аннотация с категорией признаков последовательности. (B) Аннотация с категорией «Фенотип / Признаки». (C) Аннотация с категорией таксономии / филогении. Сегменты текста в предложении, отображающем термины ОЭС (зеленые прямоугольники), выделены зеленым. Сегменты текста, указывающие категорию для аннотации (красные поля), выделены красным. Термин ECO, достоверность сопоставления ECO, категория и сила утверждения отображаются под аннотированным текстом.

Атрибуты аннотации

При создании аннотации куратор присваивает значения следующим атрибутам аннотации.

• Идентификатор термина ECO. Например, ECO: 0001566, «Количественное доказательство полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией», для доказательства в предложении.

• Пара предложений. Истина, если аннотация для пары последовательных предложений, в противном случае – ложь.

• Отрицательное утверждение. Истина, если утверждение является отрицательным (например, «наши данные не поддерживают»), в противном случае – ложь.

• Уверенность в выборе термина ОЭС. Высокий, средний или низкий. Этот атрибут отражает уверенность куратора в том, что в предложении упоминается конкретный термин ОЭС.

• Сила утверждения. Высокий, средний или низкий. Этот атрибут отражает оценку куратором силы утверждения, сделанного авторами (например, использование слова «заключить» будет указывать на высокую силу утверждения, а использование слова «возможно» будет указывать на низкую силу утверждения).

Получение документа

Мы выбрали 87 журнальных статей с открытым доступом из CollecTF (Kiliç et al., 2014), базы данных сайтов связывания транскрипционных факторов (TFBS) у бактерий.Мы загрузили документы из PubMed Central (Roberts, 2001) в формате XML с помощью утилиты EFetch из NCBI (Sayers and Miller, 2014). Мы отложили три документа разной длины и тематики TFBS для предварительного курирования; остальные 84 документа предназначались для корпуса. Мы разработали сценарии Python для преобразования статей в форму, подходящую для аннотации. XML-файлы были проанализированы, чтобы извлечь только результаты или разделы результатов / обсуждения, удалив все HTML-теги.Греческий, латинский и другие символы, отличные от ASCII, были преобразованы в текст ASCII, как и специальные символы HTML. Полученные тексты были токенизированы и разбиты на предложения с помощью Python Natural Language Toolkit (NLTK) (Bird et al., 2009). Каждый раздел результатов был записан в отдельный текстовый файл с каждым предложением в отдельной строке. Все скрипты, используемые для подготовки текстов и инструкций, доступны по адресу https://github.com/ErillLab/ECO-CollecTF/tree/master/code/PrepFiles. 84 текстовых файла были скопированы на сервер BRAT для аннотации.

Настройка инструмента аннотации

Программное обеспечение для инструмента аннотации BRAT (Stenetorp et al., 2012) находится в свободном доступе на веб-сайте BRAT http://brat.nlplab.org/. Мы использовали текущую версию BRAT v1.3 «Crunchy Frog». Версия ECO от 14 сентября 2018 года была загружена с http://www.evidenceontology.org/ в формате OBO и преобразована в формат BRAT с помощью скрипта Python obo_to_brat_format.py, доступного как часть установки BRAT. Мы установили ECO в BRAT с помощью скрипта Python norm_db_init.py, предусмотренный в установке BRAT. Мы изменили три файла конфигурации BRAT, следуя инструкциям на веб-сайте BRAT: annotation. conf, tools. conf и visual. конф. Эти файлы доступны по адресу https://github.com/ErillLab/ECO-CollecTF/tree/master/config.

Процесс курирования

Кураторы прошли обучение процессу аннотации, заставив их применить установленные руководящие принципы (как указано выше) к трем публикациям, для которых они были разработаны. Им был предоставлен учебник BRAT (дополнительный материал 2) и обзор ECO и того, как просматривать его для поиска необходимых терминов.Чтобы способствовать прямому взаимодействию и разрешению потенциальных несоответствий или сомнений, кураторы могли задавать вопросы группе по координации аннотаций на протяжении всего процесса. Группа по координации аннотаций также предоставила отзывы и исправления, чтобы убедиться, что кураторы понимают, что аннотировать, как заполнять атрибуты и как использовать BRAT.

На этапе практического аннотирования мы назначили каждому куратору набор документов для аннотирования с помощью инструмента BRAT. Кураторы самостоятельно выполнили аннотацию.Группа по устранению несоответствий и уточнению рекомендаций собиралась еженедельно, чтобы обсудить и разрешить аннотации сложных предложений. Во время встреч, которые происходили в начале кураторства, стало ясно, что необходимо рассмотреть некоторые альтернативные интерпретации сложных сценариев аннотаций, в частности, в отношении того, являются ли утверждения некоторых авторов утверждениями, основанными на доказательствах, или нет. Поэтому мы провели доработку аннотаций и переподготовку кураторов, обновили гайдлайны и примеры.

Чтобы можно было исследовать альтернативно действительные аннотации и обеспечить прозрачность в отношении этих различий, результаты отдельных кураторских аннотаций хранились отдельно. Это позволило конечным пользователям корпуса ECO-CollecTF использовать их в соответствии со своими потребностями, например, путем создания согласованного корпуса с помощью таких подходов, как голосование большинством или путем сравнения своей системы с каждым отдельным человеком-аннотатором.

Все 84 документа были аннотированы не одной и той же группой кураторов, а скорее тремя разными когортами кураторов, которые в разное время работали над тремя отдельными подмножествами документов; никакие документы не были разделены между когортами.Все кураторы прошли одинаковое обучение и следовали одним и тем же правилам и процедурам, и все документы были аннотированы как минимум тремя кураторами.

Соглашение между аннотаторами

Среди кураторов IAA рассчитывалась для каждой пары кураторов, комментировавших один и тот же набор документов. В первой когорте участвовали четыре куратора; два куратора разделяют документы, чтобы комментировать их. Таким образом, каждый из 45 документов был аннотирован тремя людьми, в результате чего получилось пять пар кураторов для первой когорты.Вторая когорта состояла из трех кураторов, каждый из которых аннотировал все девять документов, что привело к трем парам кураторов для второй когорты. Четыре куратора сформировали когорту три, и каждый из 30 документов аннотировал отдельно каждый куратор, что дало шесть пар кураторов для третьей когорты. Таким образом, всего было 14 пар кураторов, комментировавших один и тот же комплект документов. IAA рассчитывалась, как описано ниже, для 14 пар, и эти 14 баллов IAA были усреднены, чтобы получить общую оценку IAA для всего корпуса.Следовательно, представленные здесь значения IAA применяются ко всему корпусу, а не к подмножеству документов, аннотированных несколькими кураторами, что дает более точную оценку согласия между аннотаторами.

Для согласования на уровне предложения (т. Е. С аннотацией или без) использовался код Коэна Κ (Cohen, 1960). Это определяется формулой. 1, где p _o – наблюдаемая пропорция согласия между двумя кураторами, а p _e – ожидаемая доля согласия, основанная на пропорции аннотированных предложений каждого куратора (дополнительный материал 3 ).

Наш процесс курирования позволяет аннотировать отдельные или «парные» последовательные предложения. Это требует, чтобы аннотации к одиночным и последовательным предложениям были выровнены для вычисления K Коэна. Для вычисления IAA последовательные предложения рассматривались как независимо аннотированные предложения, а аннотации к каждому предложению каждым куратором подсчитывались отдельно.

IC Inter-annotator Agreement, KwIC

Cohen’s K учитывает только бинарное соглашение о том, аннотировали ли оба куратора предложение или нет.Для расчета согласия, в котором также принимается во внимание схожесть выбранных условий ОЭС, было использовано взвешенное Коэном K для согласия (Cohen, 1968) (K _{w-согласен} ), уравнение. 2. (Дополнительный материал 5)

, где w _ij – вес, связанный с согласованием между концепциями i и j , w _max – максимально возможный вес согласия, p _oij – наблюдаемая доля пар аннотаций, содержащих концепции i и j , и p _{eij 907 ожидаемая доля пар аннотаций, содержащих концепты i и j .}

K _{w-соглашение} использует матрицу весов, w _ij , , которая содержит вес соглашения между любой парой условий ECO. Здесь мы используем информационное содержание (IC) наименьшего общего предка пары в качестве веса для коэффициента Коэна K _{w-согласовано} . (Seco et al., 2004). Расчет IC для каждого члена ECO основан на количестве потомков, которое имеет термин ECO (уравнение 3; рисунок 4).Тогда вес согласия в K _{w-соглашение} для пары терминов ECO является значением IC для их наименьшего общего предка. Наибольшее значение IC, 1.0, составляет w _max в уравнении. 2, и соответствует узлам без потомков (листовым узлам).

, где NumDesc – это количество потомков узла, а TotalNumNodes обозначает общее количество узлов в онтологии.Таким образом, показатель IC присваивает меньший вес согласия совпадениям между неспецифическими терминами, чем между очень конкретными (например, листовым узлом). Это также снижает вес согласия для несоответствий между отдаленно связанными терминами и между потомками густонаселенных ветвей. Для единообразия мы включаем термин «остальной мир» (RoW), который обозначает любой объект, не включенный в ОЭС. Этот узел подключен к ECO через дополнительный корневой узел (рисунок 4), который работает как интерфейс между онтологией и внешним миром.Этот корневой узел имеет IC 0,0, что отражает представление о том, что объединение аннотации к термину ECO и к внешнему миру (то есть без аннотации) является наиболее серьезной формой разногласий.

РИСУНОК 4 . Пример расчета онтологии IC. На древовидной диаграмме показан пример онтологии со значениями IC, рассчитанными для каждого узла. Узел RoW (Остальной мир) обозначает любые организации, не представленные в ОЭС. Пример расчета IC для узла C показан на вставке справа вверху.

Кураторы могут назначить несколько терминов ECO одной фразе или паре предложений. Следовательно, чтобы правильно вычислить KwIC, аннотации должны быть выровнены. Это согласование нескольких меток происходит следующим образом, рассматривая каждое предложение по очереди.

1. Если ни один куратор не аннотировал предложение, засчитайте совпадение ПП-П.

2. Если один куратор аннотировал предложение, а другой нет, засчитать несоответствие между термином ОЭС и полосой отвода. Учитывается каждый член ОЭС в аннотированном предложении.

3.Если оба куратора аннотировали предложение, рассмотрите все комбинации пар ECO между двумя наборами аннотаций для этого предложения и используйте лучшее значение IC для каждой пары, чтобы выровнять аннотации и определить, какие пары учитывать. Если один куратор имеет несоответствующие условия ОЭС, засчитайте их как несоответствие между каждым несоответствующим условием ОЭС и полосой отвода.

Моделирование значений KwIC

Смоделированный процесс аннотации использовался для определения ожидаемого диапазона значений KwIC для корпуса.Оценка параметров проводилась на корпусе документов, а моделирование проводилось на синтетических документах из 1500 предложений для вычисления значений KwIC, которые были оценены на основе 100 независимых повторов для каждого эксперимента. Полное описание процедур оценки параметров и моделирования доступно в дополнительном материале 5.

Выбор примеров использования для ECO

Мы разработали сценарии Python для обработки аннотаций и выбора возможных примеров предложений и пар предложений для поля OBO “ пример использования ».Кандидаты были отобраны из тех аннотаций, в которых два или три аннотатора выбрали один и тот же термин ОЭС для аннотации в этом предложении. Были разрешены примеры, содержащие более одной аннотации ОЭС, хотя пример был предложен только для срока ОЭС с согласия двух или трех аннотаторов. Скрипт сгруппировал эти аннотации по условиям ECO и по значениям атрибутов уверенности. Для терминов ОЭС было выбрано до четырех примеров, которые впоследствии были проверены вручную кураторами ОЭС, чтобы выбрать иллюстративные примеры использования различных терминов ОЭС.

Результаты и обсуждение

Определение конвейера для аннотации утверждений, основанных на доказательствах

Перед началом задачи курирования необходимо точно определить цель и объем усилий. Основная цель этой работы состояла в том, чтобы создать корпус, который фиксировал бы аннотации ОЭС к заявлениям свидетельств, поддерживающим определенный набор типов утверждений, предоставляя аннотации, которые были достаточно определены для поддержки систем интеллектуального анализа текста. Доказательства, подтверждающие утверждения, в принципе могут быть найдены во всех разделах научной рукописи и охватывают несколько абзацев или разделов.Предыдущая работа показала, что наибольшая концентрация утверждений, основанных на фактах, содержится в разделе «Результаты» или «Результаты и обсуждение» рукописи (Crangle et al., 2007; Islamaj Dogan et al., 2017b), и наш предварительный обзор подтвердил это наблюдение. . Хотя предыдущие исследования показали, что подписи к рисункам и таблицам обогащены полезной информацией (Singhal et al., 2016), они, как правило, содержат подробные доказательства, подтверждающие утверждения в тексте, а не в самих подписях. Таким образом, для аннотации мы выбрали только разделы «Результаты» или «Результаты» и «Обсуждение».

Изначально мы также ограничили курирование отдельными предложениями, содержащими как упоминание свидетельств, так и утверждение, основанное на этих свидетельствах. Чтобы оценить влияние ограничения аннотации к этому типу отдельных предложений на покрытие аннотациями в корпусе, мы случайным образом выбрали 12 документов из 84 в корпусе, и у нас был эксперт-куратор, аннотирующий все утверждения доказательств, подтверждающих утверждения без ограничений (например, охват нескольких параграфы или сопоставление нескольких источников доказательств).В результате было создано 182 аннотации для 773 аннотируемых предложений (то есть плотность аннотаций составила 23,54%). Затем мы повторили процесс, но аннотировали только отдельные предложения. Из 182 аннотированных неограниченных аннотаций 94 были записаны как самостоятельные аннотации предложений (51,6%). Во время предварительного обзора наблюдения кураторов показали, что для множественных утверждений доказательства часто приводятся в непосредственно предшествующем или последующем предложении, поэтому мы оценили влияние рассмотрения также последовательных пар предложений для аннотации.Использование как отдельных предложений, так и пар предложений увеличило охват до 143/182 (78,6%; 18,50% плотность аннотаций) без значительного увеличения сложности работы по аннотации, и мы приняли этот подход для всего корпуса.

Определение того, что составляет утверждение, основанное на доказательствах, является субъективным процессом. Предварительная проверка показала, что кураторы часто расходятся в своих интерпретациях того, что является утверждением, основанным на доказательствах. Чтобы отчасти уловить эту субъективность, мы ввели в аннотацию несколько квалификаторов.Кураторов попросили оценить степень достоверности их сопоставления терминов и текста ОЭС и определить предполагаемую убедительность утверждения. Кроме того, поскольку некоторые утверждения являются отрицательными, мы создали атрибут, который указывает, является ли аннотация отрицательной или нет. Процесс аннотации, включая квалификаторы аннотации, был сжат в набор руководств по аннотации и учебных материалов, которые эффективно инструктировали студентов-кураторов о целях и ограничениях процесса аннотации, показывая, что аннотировать (рисунки 1 и 2), а что не аннотировать ( Таблица 1) с конкретными примерами из учебных документов.

ТАБЛИЦА 1 . Пример предложений, не подходящих для наставничества, с обоснованием.

Обзор корпуса

Корпус ECO-CollecTF содержит первые текстовые аннотации, основанные на обширных, подробных свидетельствах терминов ECO. Он содержит четкие, автономные доказательства и включает определение доказательства, ограниченное контекстом утверждения. Таким образом, его цель и структура отличают его от ранее разработанных корпусов. Выявление случаев появления доказательств, подтверждающих утверждения о биологических объектах, значительно труднее, чем маркировка объектов.Аннотации доказательств в корпусе ECO-CollecTF, таким образом, имеют важное значение для разработки автоматизированных методов извлечения, основанных на фактах, которые должны связывать заявленные утверждения с их подтверждающими доказательствами, чтобы обеспечить экспериментальное обоснование утверждений. С другой стороны, ограничение процесса аннотации одиночными или последовательными предложениями привело к созданию уникального набора данных из коротких текстовых сегментов, содержащих все соответствующие элементы утверждения, основанного на доказательствах. Это обеспечивает единый справочник по интеллектуальному анализу текста, определяя существенно ограниченную задачу, которую можно использовать для обучения и тестирования систем интеллектуального анализа текста до того, как они решат общую проблему обнаружения и связывания экземпляров свидетельств и биологических терминов, задействованных в утверждениях через научная рукопись.

Корпус ECO-CollecTF состоит из 84 разделов с аннотированными результатами. Таблица 2 показывает дополнительную статистику по корпусу. Как и ожидалось из предварительной оценки, включение последовательных предложений позволило включить примерно на 50% больше аннотаций, чем было получено при ограничении одиночными автономными предложениями. Ограничение одиночных или последовательных предложений привело к плотности аннотаций предложений в 14%, что соответствует, но ниже, чем наблюдалось в предварительной оценке, и, вероятно, является результатом более строгого соблюдения окончательных рекомендаций по аннотациям после их формулировки.

ТАБЛИЦА 2 . Статистика корпуса ECO-CollecTF.

Как показано на Рисунке 5, аннотации в корпусе ECO-CollecTF не были равномерно распределены по условиям ОЭС. Из 146 используемых уникальных терминов ОЭС более половины (52,41%) используются только от 1 до 5 раз, а 15,86% – от 6 до 10 раз. Такая предвзятость терминов не редкость. Например, в корпусе CRAFT (Bada et al., 2012) 3 657 из 8 277 аннотаций субонтологии клеточного компонента GO относились к термину GO: 0005623, «ячейка».В случае корпуса ECO-CollecTF наблюдаемая систематическая ошибка является прямым следствием сосредоточения внимания на статьях о бактериальных факторах транскрипции, что приводит к преобладанию экспериментальных и вычислительных методов, используемых при изучении регуляции транскрипции, таких как электрофоретическая подвижность ECO: 0000096 ‘. свидетельство анализа сдвига »(400 аннотаций) или ECO: 0000028« Свидетельство сходства мотивов »(112 аннотаций).

РИСУНОК 5 . Количество аннотаций зависит от срока ОЭС.

Корпус ECO-CollecTF включает атрибуты для отражения различных субъективных аспектов аннотации.«Сила утверждения» отражает силу утверждения, подтвержденного свидетельствами, в то время как атрибут «Доверие» фиксирует качество отображения записи онтологии в текстовое изложение свидетельства, как это воспринимается куратором. Мы обнаружили явное смещение в сторону «высоких» значений для обоих субъективных показателей (дополнительный материал 6, дополнительный материал 7). Вероятно, это связано с тем, что, столкнувшись с косвенно сформулированными утверждениями и слабыми сопоставлениями с условиями ОЭС, кураторы обычно предпочитали не аннотировать соответствующие предложения.Мы также обнаружили, что распределение «уверенности» было значительно искажено по условиям ОЭС (дополнительный материал 7). Частично это связано с преобладанием некоторых конкретных терминов с четко определенными текстовыми отображениями (например, ECO: 0000096 «Доказательства сдвига электрофоретической подвижности») и предполагает, что определение значительной части терминов в ECO может быть изменено для более точного согласования с их текстовым представлением в журнальных статьях.

Соглашение между аннотаторами

Надежность биомедицинских корпусов, когда можно достоверно оценить истинные негативы, обычно оценивается с помощью К-балла Коэна (Artstein and Poesio, 2008).Здесь мы реализовали этот подход, вычислив оценку Коэна Κ для всех возможных пар кураторов, которые комментировали один и тот же набор документов. Как описано в разделе «Методы», мы затем усреднили баллы для каждой пары кураторов, чтобы получить общую оценку Коэна Κ для аннотаций корпуса ECO-CollecTF, что составляет 0,69. В отличие от других корпусов, этот балл не экстраполируется из подмножества документов, аннотированных несколькими кураторами, а представляет собой добросовестную оценку общей надежности корпуса.Оценка 0,69 сопоставима с сообщенными баллами K в задачах аннотации аналогичной сложности (Herrero-Zazo et al., 2013; Jimeno et al., 2008; Véronis, 2001).

Cohen’s K и аналогичные показатели измеряют бинарное согласие с точки зрения того, согласились ли кураторы аннотировать данный текстовый блок или нет. Этот подход хорошо работает для многих биомедицинских корпусов, поскольку основное внимание уделяется идентификации широко определенных сущностей в тексте. Однако при аннотировании онтологии, например, в случае корпуса ECO-CollecTF, кураторы могут свободно выбирать любой из терминов в онтологии для данной аннотации.В этой ситуации аннотация включает в себя несколько классов для выбора. Таким образом, метрика IAA должна учитывать сходство выбора онтологии среди множества возможных вариантов выбора.

Были опробованы различные методы применения подобия на основе онтологий (Pesquita et al., 2009) для получения весов для оценки IAA. К ним относятся подсчет общих предков (Van Auken et al., 2014), подсчет детей (Artstein and Poesio, 2008; Melamed and Resnik, 2000) или эвристика, учитывающая различия в глубине (Geertzen and Bunt, 2006).Здесь мы основываемся на формальном подходе, сформулированном Seco et al. (Seco et al., 2004) для получения весов на основе информационного содержания (IC) каждого естественного члена ECO, чтобы вычислить взвешенную версию K Коэна, получившую название KwIC (рисунок 4). Этот подход аналогичен по духу подходу, который использовался при оценке задачи BioCreative Gene Ontology (Mao et al., 2014), и обеспечивает принципиальную, объективную метрику для измерения степени сходства между двумя вариантами аннотаций из онтологии.Средний балл KwIC по корпусу ECO-CollecTF составляет 0,55. Это значение, как и ожидалось, ниже, чем K-балл двоичного кода Коэна, поскольку только аннотации к конечным (листовым) узлам имеют полный вес согласия (IC = 1).

Переход к взвешенному индексу K уместен в контексте усилий по многокомпонентной аннотации (Cohen, 1968), но не учитывает контекст, обеспечиваемый сравнениями с предыдущими попытками удостовериться в надежности корпуса. Чтобы решить эту проблему, мы попытались вывести границы и эмпирические оценки для метрики KwIC (рисунок 6).Как и K , KwIC имеет верхнюю границу 1 (полное совпадение) и может достигать отрицательных значений при систематическом несогласии (Cohen, 1960; Cohen, 1968). Чтобы получить надежные оценки KwIC в контексте наших усилий по аннотации, мы оценили плотность аннотаций, ложноположительные и ложноотрицательные показатели корпуса, и мы использовали эти оценочные параметры для моделирования процесса аннотации на 100 независимо сгенерированных справочных корпусах. Предполагая, что плотность аннотаций составляет 14%, количество ложных срабатываний равно 2.4% и 14% ложноотрицательных результатов, как оценивается по корпусу. Имитация идеального согласования аннотаторов корпусов, содержащих только листовые узлы ECO, дает значение KwIC , равное 0,71 ± 0,02.

РИСУНОК 6 . KwIC оценивает различные вероятности успеха. p – вероятность успеха, которая обеспечивает термин «расстояние между двумя смоделированными кураторами». p = 1.0 – идеальное согласие. Среднее значение KwIC для 100 смоделированных аннотированных корпусов на каждом p .Столбики показывают стандартное отклонение оценок KwIC.

Затем мы выполнили моделирование, используя распределение по корпусу терминов ECO, и изменили количество разногласий между кураторами, установив, что один из кураторов аннотирует количество переходов от другого. Количество прыжков выбирается случайным образом из геометрического распределения с вероятностью p . Это моделирование показало, что при полном согласовании ( p = 1) ожидаемое значение KwIC нашего корпуса равно 0.63 ± 0,02. Это ниже, чем двоичное значение K , равное 0,69, потому что значительная часть аннотаций (~ 45%) в корпусе относится к нелистовым узлам, которые по определению имеют веса IC меньше 1. Для низких значений p ( p → 0), KwIC стабилизируется на 0,0,32 ± 0,01. Это результат низкой плотности аннотаций в корпусе (14%), что приводит к тому, что значительная часть результатов в таблице учитывается как соглашения ПО-ПО (IC = 1). Таким образом, имитационные эксперименты обеспечивают адекватный контекст для значения KwIC = 0.55 наблюдалось для корпуса ECO-CollecTF с нижней границей 0,32 и верхней границей 0,63. Принимая во внимание этот ожидаемый динамический диапазон для KwIC , наблюдаемое значение 0,55 составляет примерно 75% от максимального ожидаемого значения (0,63; полное совпадение), что указывает на существенный уровень согласия между кураторами в корпусе ECO-CollecTF.

Corpus Release

Корпус ECO-CollecTF следует принципам ЧЕСТНОЙ, а именно «обнаруживаемости», «доступности», «возможности взаимодействия» и «возможности многократного использования».Корпус доступен в общедоступном постоянном репозитории в двух широко используемых форматах: BRAT (Stenetorp et al., 2012) и BioC (Comeau et al., 2013), поддерживающих совместимость и возможность повторного использования. Кроме того, корпус ECO-CollecTF также доступен в виде файла ECO OBO, который включает аннотации для каждого термина в настраиваемых свойствах в формате JSON, облегчая доступность и автоматическое обновление корпуса. На корпус есть ссылка на веб-сайте ОЭС, чтобы его можно было найти. Вместе с аннотациями, проанализированные результаты и разделы результатов / обсуждения для всех статей журнала доступны в текстовых файлах ASCII с одним предложением в строке в постоянном репозитории.Все эти разделы взяты из журнальных статей, опубликованных с лицензией Creative Commons, разрешающей неограниченное некоммерческое использование. Производные версии аннотированных документов доступны под оригинальной лицензией на рукопись с открытым доступом. Аннотации доступны в соответствии с лицензией Creative Commons BY NC 4.0. Руководства, учебные материалы, примеры и код также доступны с той же лицензией.

В отличие от многих других корпусов, корпус ECO-CollecTF предоставляет оригинальные, индивидуальные аннотации, сделанные каждым членом группы курирования, а не согласованный консенсус.Это позволяет пользователям полностью реконструировать исходный корпус, воспроизвести вычисления IAA, включить в него только аннотации, соответствующие определенному атрибуту, или, следуя опубликованным рекомендациям, добавить свои собственные аннотации в корпус. Включение атрибутов аннотации также оказывает существенное влияние на возможность повторного использования, поскольку оно обеспечивает важные квалификаторы (например, отрицательное утверждение), которые могут быть использованы подходами машинного обучения к интеллектуальному анализу текста. Это также относится к ограничению аннотаций одиночными и последовательными предложениями, поскольку он предоставляет уникальный набор данных четко определенных коротких текстовых сегментов, содержащих утверждения, основанные на доказательствах, и, следовательно, определяет более простую задачу анализа ограниченного текста.

Примеры использования терминов ОЭС в статьях журнала

Ограничение аннотации одиночными или последовательными предложениями, содержащими термин свидетельства, участвующий в утверждении, можно использовать для улучшения онтологии путем включения примеров использования его терминов. Это обеспечивает ценность для пользователей и кураторов онтологии в виде реальных примеров использования, которые дополняют определения терминов онтологии и помогают кураторам принимать информированные решения о применимости данного термина в различных контекстах.Кроме того, примеры использования приносят пользу разработчикам онтологий, позволяя им понять, как авторы выражают концепции онтологии в статьях, помогая им уточнить онтологию и обеспечивая внешний контраст при оценке изменений в структуре онтологии.

Для создания адекватных примеров использования мы выбрали до трех аннотаций с единодушным согласием кураторов для каждого термина ОЭС, доступного в корпусе ECO-CollecTF. Эти аннотации были вручную просмотрены кураторами ECO, в результате чего к 45 терминам, добавленным в ECO, было добавлено 63 примера использования (SUPLXXX).

Ограничения и целевая аудитория

Корпус ECO-CollecTF – это первый корпус, посвященный аннотации терминов свидетельств в научном тексте с использованием эталонной онтологии свидетельств (ECO). Таким образом, он вводит экспертные знания при определении того, что составляет экземпляр термина свидетельства в научной рукописи, и обеспечивает основу для разработки корпусов, включающих основанные на онтологии аннотации свидетельств. Как это часто бывает в плодотворной работе, корпус ECO-CollecTF имеет некоторые ограничения, которые изложены ниже:

– Размер: ECO-CollecTF основан на курировании 84 документов с 2565 аннотациями.Хотя это небольшое количество документов, оно сопоставимо по размеру с другими основополагающими корпусами, такими как CRAFT (Bada et al., 2012), и корпусами, посвященными тематике корпуса ECO-CollecTF (Bossy et al. ., 2012; Пысало и др., 2012).

– Объем аннотации: корпус ECO-CollecTF фокусируется на аннотации терминов ОЭС в научных статьях. Отображение терминов свидетельств основывается на их поддержке утверждения, касающегося биологической сущности, но сама сущность и взаимосвязь не аннотируются в корпусе явным образом.Корпус, однако, аннотирует автономные предложения или пары предложений, охватывающие свидетельство и заявленную сущность, а также онтологию соответствующей биологической сущности. Это обеспечивает уникальный шаблон для расширения корпуса с помощью аннотации сущностей, а также четко определенный эталонный тест для разработки инструментов интеллектуального анализа текста для основанных на онтологии сущностей и тегов отношений, включающих свидетельства.

– Объем статьи: корпус ECO-CollecTF аннотирует только разделы рукописи «Результаты» (или «Результаты и обсуждение»).Хотя при этом обязательно упускаются упоминания доказательств в других разделах документа, таких как условные обозначения, наши результаты показывают, что этот подход охватывает значительную часть упоминаний доказательств, используемых в утверждениях относительно биологических объектов, и предоставляет ресурс для целенаправленных инициатив по интеллектуальному анализу текста.

– Тематический объем: корпус ECO-CollecTF ограничен аннотациями статей по регуляции бактериальной транскрипции. Это было мотивировано опытом сотрудничающих команд и разработано как средство для сосредоточения усилий по аннотации.Однако процедуры и результаты имеют общее значение для любых целевых усилий по аннотации с использованием ECO, а корпус представляет собой важный ресурс для текущих усилий по аннотированию статей по регуляции транскрипции (Lithgow-Serrano et al., 2019).

В качестве первого корпуса для прямой аннотации доказательств в журнальных статьях, использующих стандартную онтологию de facto для доказательств, корпус ECO-CollecTF предоставляет подробные рекомендации и шаблон для аннотации доказательств в биомедицинских корпусах.Кроме того, его тщательная оценка и проверка согласия между аннотаторами с использованием метрики, которая учитывает онтологические отношения терминов, также определяет ожидания относительно надежности корпуса для аналогичных инициатив, стремящихся аннотировать онтологические термины на разных уровнях детализации. Таким образом, корпус и связанные с ним материалы представляют интерес для групп аннотаций, желающих включить аннотацию доказательств в свой процесс курирования.

Корпус ECO-CollecTF включает 2 565 аннотаций терминов ОЭС в предложениях и парах предложений, которые содержат явное утверждение о биологическом объекте.Аннотации включают атрибуты качества и отрицания, а также ссылочную онтологию для заявленной сущности. Таким образом, корпус представляет собой уникальный эталон для команд, стремящихся разработать системы интеллектуального анализа текста, обращаясь не только к отображению терминов ОЭС в тексте, но и к их оценке как добросовестным упоминаниям доказательств посредством идентификации соответствующих биологических объектов и утверждений в ограниченном виде. текстовый домен.

Заключение

В этой работе мы определили утверждения, основанные на доказательствах, с атрибутами, отражающими уверенность в связи текста свидетельства с термином ОЭС и оценку силы утверждения, а также разработали руководящие принципы их лечения.Мы создали корпус из 84 документов о TFBS у бактерий с 2565 экземплярами доказательств, задействованных в утверждениях о различных биологических объектах, причем каждый документ аннотирован как минимум тремя кураторами. Корпус является первым, насколько нам известно, с аннотациями доказательных терминов, использующих ECO, и 63 примера использования были выбраны из аннотаций для включения в ECO. Мы также разработали и охарактеризовали с помощью моделирования новую метрику IAA, KwIC , которая расширяет метрику Коэна K , используя информационный контент, основанный на структуре ECO.Кроме того, все аннотации кураторов включены в корпус, что позволяет другим исследователям создавать согласованный корпус или рассчитывать IAA любыми методами, которые они пожелают. Корпус ECO-CollecTF – это новое дополнение к корпусу корпусов, предназначенных для разработки систем интеллектуального анализа текста и других приложений.

Заявление о доступности данных

Наборы данных, представленные в этом исследовании, можно найти в онлайн-репозиториях. Названия репозитория / репозиториев и номера доступа можно найти ниже: ECO-CollecTF v1.2 https://zenodo.org/record/4568935. DOI: 10.5281 / zenodo.4568935.

Вклад авторов

Концептуализация: EH, SG, JM, SN, MG, IE; привлечение финансирования: MG; методология: EH, SG, JM, SN, MG, IE; администрирование проекта: MG, IE; ресурсы: RJ, AG-A, MK; программное обеспечение: EH; супервизия: EH, MG, IE; курирование данных: EH, SG, AM, KL, AS, EK, MS; визуализация: EH, IE; написание – оригинальный черновик: EH, IE; написание – просмотр и редактирование: EH, AM, EK, JM, SN, AG-A, MK, MG, IE.

Финансирование

Эта работа была поддержана Национальным научным фондом, Отделом биологической инфраструктуры (1458400) и Национальными институтами здравоохранения (R01GM089636, U41HG008735), а также комиссией управления от Plan TL (Plan de Impulso de las Tecnologías del Lenguaje) из испанского министра экономики и преобразования цифровой информации в BSC-CNS.

Конфликт интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могут быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Благодарности

Авторы выражают благодарность Маркусу Чибукосу и Джеймсу Ху за содержательные обсуждения и техническую помощь.

Дополнительные материалы

Дополнительные материалы к этой статье можно найти в Интернете по адресу: https: // www.frontiersin.org/articles/10.3389/frma.2021.674205/full#supplementary-material

Ссылки

Aggarwal, C.C., и Zhai, C.X. (2012). Текстовые данные интеллектуального анализа данных . Бостон, Массачусетс: Springer Publishing Company, Inc.

Artstein, R., and Poesio, M. (2008). Соглашение между кодировщиками по компьютерной лингвистике. Comput. Языкознание 34, 555–596. doi: 10.1162 / coli.07-034-R2

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Bada, M., Eckert, M., Evans, D., Гарсия, К., Шипли, К., Ситников, Д. и др. (2012). Аннотация концепции в CRAFT Corpus. BMC Bioinformatics 13, 161. doi: 10.1186 / 1471-2105-13-161

PubMed Реферат | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Баррелл Д., Диммер Э., Хантли Р. П., Биннс Д., О’Донован К. и Апвейлер Р. (2009). База данных GOA в 2009 году – интегрированный ресурс аннотаций генных онтологий. Nucleic Acids Res. 37, D396 – D403. DOI: 10.1093 / nar / gkn803

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Bird, S., Лопер, Э., и Кляйн, Э. (2009). Обработка естественного языка с помощью Python . Севастополь, Калифорния: O’Reilly Media, Inc.

Bossy, R., Jourde, J., Manine, A.-P., Veber, P., Alphonse, E., van de Guchte, M., et al. . (2012). Общая задача BioNLP – Бактерии. BMC Bioinformatics 13, S3. DOI: 10.1186 / 1471-2105-13-S11-S3

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Чен, К., Ду, Дж., Ким, С., Уилбур, В. Дж., И Лу, З. (2020). Глубокое обучение с встраиванием предложений, прошедшее предварительное обучение в биомедицинских корпусах, повышает эффективность поиска похожих предложений в электронных медицинских записях. BMC Med. Сообщить. Decis. Мак 20, 1–10. doi: 10.1186 / s12911-020-1044-0

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Chibucos, M.C., Mungall, C.J., Balakrishnan, R., Christie, K.R., Huntley, R.P., White, O., et al. (2014). Стандартизованное описание научных доказательств с использованием онтологии доказательств (ECO). База данных 2014, bau075. DOI: 10.1093 / база данных / bau075

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Чибукос, М.C., Zweifel, A.E., Herrera, J.C., Meza, W., Eslamfam, S., Uetz, P., et al. (2014). Онтология микробных фенотипов. BMC Microbiol. 14, 294. doi: 10.1186 / s12866-014-0294-3

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Кларк, Т., Чиккарез, П. Н. и Гобл, К. А. (2014). Микропубликации: семантическая модель утверждений, доказательств, аргументов и аннотаций в биомедицинских коммуникациях. J. Biomed. Сем . 5, 28. doi: 10.1186 / 2041-1480-5-28

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Коэн, Дж.(1960). Коэффициент согласования номинальных масштабов. Educ. Psychol. Измер. 20, 37–46. doi: 10.1177 / 001316446002000104

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Comeau, D. C., Islamaj Dogan, R., Ciccarese, P., Cohen, K. B., Krallinger, M., Leitner, F., et al. (2013). BioC: минималистский подход к взаимодействию для биомедицинской обработки текста. База данных 2013, bat064. DOI: 10.1093 / база данных / bat064

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Crangle, C.Э., Черри, Дж. М., Хонг, Э. Л., и Збыслав, А. (2007). Получение экспериментальных доказательств заявлений о молекулярных функциях из литературы. Биоинформатика 23, 3232–3240. doi: 10.1093 / биоинформатика / btm495

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Доган Р. И., Лиман Р. и Лу З. (2014). NCBI Disease Corpus: ресурс для распознавания названий болезней и нормализации концепций. J. Biomed. Сообщить. 47, 1–10. doi: 10.1016 / j.jbi.2013.12.006

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Эйлбек, К., Льюис, С. Е., Мунгалл, К. Дж., Янделл, М., Стейн, Л., Дурбин, Р. и др. (2005). Онтология последовательности: инструмент для унификации аннотаций генома. Genome Biol. 6, R44. doi: 10.1186 / gb-2005-6-5-r44

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Geertzen, J., and Bunt, H. (2006). «Измерение согласия аннотатора в сложной схеме аннотации акта иерархического диалога», в материалах 7-го семинара SIGdial по дискурсу и диалогу – SigDIAL ’06 (Сидней, Австралия: Ассоциация компьютерной лингвистики).doi: 10.3115 / 1654595.1654619

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Giglio, M., Tauber, R., Nadendla, S., Munro, J., Olley, D., Ball, S., et al. (2019). ОЭС, Онтология доказательств и выводов: Стандарт Сообщества в отношении доказательной информации. Nucleic Acids Res. 47, D1186 – D1194. doi: 10.1093 / nar / gky1036

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Эрреро-Зазо, М., Сегура-Бедмар, И., Мартинес, П., и Деклерк, Т. (2013). Корпус DDI: аннотированный корпус с фармакологическими веществами и лекарственными взаимодействиями. J. Biomed. Сообщить. 46, 914–920. doi: 10.1016 / j.jbi.2013.07.011

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Hicks, A., Hogan, W., Pepine, C., Boire, N., Herring, C., and Seppala, S. (2018). «Введение в ФАКТЫ о гипертонии: аннотации онтологий жизненных знаков в аннотированном корпусе Флориды для трансляционной науки», в Тридцать первой Международной конференции Flairs. Menlo Park, CAAssociation for the Advancement of Artificial Intelligence Press.

Google Scholar

Hirschman, L., Бернс, Г.А.П.С., Краллингер, М., Ариги, К., Коэн, К.Б., Валенсия, А. и др. (2012). Text Mining для рабочего процесса биодокументации. База данных 2012, bas020. DOI: 10.1093 / database / bas020

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Islamaj Dogan, R., Kim, S., Chatr-aryamontri, A., Chang, C. S., Oughtred, R., Rust, J., et al. (2017). Корпус BioC-BioGRID: полнотекстовые статьи с аннотациями для лечения белок-белковых и генетических взаимодействий. База данных (Оксфорд) 2017, baw147.DOI: 10.1093 / база данных / baw147

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Islamaj Dogan, R., Chatr-aryamontri, A., Kim, S., Wei, C.-H., Peng, Y., Comeau, D., et al. (2017). «BioCreative VI Precision Medicine Track: создание учебного корпуса для изучения белковых взаимодействий, затронутых мутациями», в BioNLP 2017 (Ванкувер, Канада: Ассоциация компьютерной лингвистики), 171–175. doi: 10.18653 / v1 / W17-2321

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Химено, А., Хименес-Руис, Э., Ли, В., Гаудан, С., Берланга, Р., и Ребхольц-Шуман, Д. (2008). Оценка распознавания названной сущности болезни по корпусу аннотированных предложений. BMC Bioinformatics 9, S3. doi: 10.1186 / 1471-2105-9-S3-S3

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Йованович, Дж., И Багери, Э. (2017). Семантическая аннотация в биомедицине: современный ландшафт. J. Biomed. Семант. , 8, 44. doi: 10.1186 / s13326-017-0153-x

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Килич, С., Уайт, Э. Р., Загитова, Д. М., Корниш, Дж. П., и Эрилл, И. (2014). CollecTF: База данных экспериментально подтвержденных сайтов связывания факторов транскрипции у бактерий. Nucleic Acids Res. 42, D156 – D160. DOI: 10.1093 / nar / gkt1123

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Krallinger, M., Leitner, F., Rodriguez-Penagos, C., and Valencia, A. (2008). Обзор задачи извлечения аннотаций взаимодействия белков и белков в BioCreative II. Genome Biol. 9, S4. doi: 10.1186 / gb-2008-9-s2-s4

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Kwon, D., Kim, S., Wei, C.-H., Leaman, R., and Lu, Z. (2018). ezTag: Добавление тегов к биомедицинским концепциям посредством интерактивного обучения. Nucleic Acids Res. 46, W523 – W529. doi: 10.1093 / nar / gky428

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Lee, J., Yoon, W., Kim, S., Kim, D., Kim, S., So, C.H., et al. (2019). BioBERT: предварительно обученная модель представления биомедицинского языка для биомедицинского интеллектуального анализа текста. Биоинформатика , btz682. doi: 10.1093 / bioinformatics / btz682

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Литгоу-Серрано, О., Гама-Кастро, С., Исида-Гутьеррес, К., Мехиа-Альмонте, К., Тьеррафрия, В. Х., Мартинес-Луна, С. и др. (2019). Корпус сходства по регуляции микробной транскрипции. J. Biomed. Семант. 10, 8. doi: 10.1186 / s13326-019-0200-x

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Мао, Ю., Ван Аукен, К., Ли, Д., Ариги, К. Н., Маккуилтон, П., Хейман, Г. Т. и др. (2014). Обзор задачи генной онтологии в BioCreative IV. База данных 2014, bau086. DOI: 10.1093 / база данных / bau086

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Меламед И. Д. и Резник П. (2000). Оценка теггера с учетом иерархических наборов тегов. Comput. Humanit. 34, 79–84. doi: 10.1023 / a: 1002402

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ohta, T., Pyysalo, S., Tsujii, J., and Ananiadou, S.(2012). «Обнаружение упоминания анатомических сущностей в открытой области», в материалах семинара по обнаружению структуры в научном дискурсе. Страудсбург, Пенсильвания: Ассоциация компьютерной лингвистики.

Google Scholar

Pafilis, E., Frankild, S. P., Fanini, L., Faulwetter, S., Pavloudi, C., Vasileiadou, A., et al. (2013). Ресурсы видов и организмов для быстрой и точной идентификации таксономических названий в тексте. PLoS ONE 8, e65390. DOI: 10.1371 / journal.pone.0065390

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Pesquita, C., Faria, D., Falcão, A.O., Lord, P., and Couto, F. M. (2009). Семантическое сходство в биомедицинских онтологиях. Plos Comput. Биол. 5, e1000443. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1000443

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Pyysalo, S., Ginter, F., Heimonen, J., Björne, J., Boberg, J., Järvinen, J., et al. (2007). BioInfer: корпус для извлечения информации в биомедицинской сфере. BMC Bioinformatics 8, 50. doi: 10.1186 / 1471-2105-8-50

PubMed Реферат | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Pyysalo, S., Ohta, T., Rak, R., Rowley, A., Chun, H.W., Jung, S.J., et al. (2015). Обзор задач по генетике рака и лечению путей из общей задачи BioNLP, 2013 г. BMC Bioinformatics 16 (Приложение 10), S2. doi: 10.1186 / 1471-2105-16-S10-S2

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Pyysalo, S., Ohta, T., Rak, R., Sullivan, D., Мао, К., Ван, К. и др. (2012). Обзор задач ID, EPI и REL общей задачи BioNLP 2011. BMC Bioinformatics 13, S2. doi: 10.1186 / 1471-2105-13-S11-S2

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Rebholz-Schuhmann, D., Kirsch, H., Arregui, M., Gaudan, S., Riethoven, M., and Stoehr, P. (2007). EBIMed – текстовый Crunching to Gather Facts for Proteins из Medline. Биоинформатика 23, e237 – e244. doi: 10.1093 / биоинформатика / btl302

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Решетова, П., Смилде, А.К., ван Кампен, А.Х., и Вестерхейс, Дж. А. (2014). Использование предшествующих знаний для анализа данных высокопроизводительной транскриптомики и метаболомики. BMC Syst. Биол. 8, S2. doi: 10.1186 / 1752-0509-8-S2-S2

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Sayers, E., and Miller, V. (2014). «Электронные утилиты в подробностях: параметры, синтаксис и многое другое», в справке Entrez Programming Utilities Help [Интернет] . Бетесда, Мэриленд: Национальный центр биотехнологической информации (США).

Google Scholar

Секо, Н., Вил, Т., и Хейс, Дж. (2004). «Метрика внутреннего информационного содержания для семантического сходства в WordNet», в материалах 16-й Европейской конференции по искусственному интеллекту. (Амстердам, Нидерланды: IOS Press), 2.

Google Scholar

Siegele, D. A., LaBonte, S. A., Wu, P. I.-F., Chibucos, M. C., Nandendla, S., Giglio, M. G., et al. (2019). Аннотация фенотипа с онтологией микробных фенотипов (OMP). Дж.Биомед. Семант. 10, 13. doi: 10.1186 / s13326-019-0205-5

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Singhal, A., Leaman, R., Catlett, N., Lemberger, T., McEntyre, J., Polson, S., et al. (2016). Актуальные потребности биомедицинского интеллектуального анализа текста в биокументации и за ее пределами: возможности и проблемы. База данных 2016, baw161. DOI: 10.1093 / база данных / baw161

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Stenetorp, P., Pyysalo, S., Topic, G., Ananiadou, S., и Aizawa, A. (2012). «Нормализация с помощью инструмента быстрого аннотирования BRAT», в материалах 5-го Международного симпозиума по семантическому анализу в биомедицине. (Цюрих, Швейцария, Институт компьютерной лингвистики, Цюрихский университет).

Google Scholar

Ван Аукен, К., Шеффер, М. Л., Маккуилтон, П., Лауледеркинд, С. Дж. Ф., Ли, Д., Ван, С.-Дж. и др. (2014). BC4GO: полнотекстовый корпус для задачи BioCreative IV GO. База данных 2014, bau074. DOI: 10.1093 / база данных / bau074

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Веронис, Дж.«Смысловые теги: имеет ли это смысл?» in Corpus Linguistics 2001 Conference (Ланкастер, Великобритания), 10.

Google Scholar

Verspoor, K., Cohen, K. B., Lanfranchi, A., Warner, C., Johnson, H. L., Roeder, C., et al. (2012). Корпус полнотекстовых журнальных статей – надежный инструмент оценки для выявления различий в производительности биомедицинских инструментов обработки естественного языка. BMC Bioinformatics 13, 207. doi: 10.1186 / 1471-2105-13-207

PubMed Реферат | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Винче, В., Сарвас, Г., Фаркаш, Р., Мора, Г., и Чирик, Дж. (2008). Корпус BioScope: биомедицинские тексты с комментариями на предмет неопределенности, отрицания и их масштабов. BMC Bioinformatics 9. S9 doi: 10.1186 / 1471-2105-9-S11-S9

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Wei, C.-H., Lee, K., Leaman, R., and Lu, Z. (2019). «Биомедицинское устранение неоднозначности с использованием подхода глубокого обучения», в материалах 10-й Международной конференции ACM по биоинформатике, вычислительной биологии и информатике здравоохранения – BCB ’19 (Ниагара-Фолс, Нью-Йорк, США: ACM Press), 307–313.doi: 10.1145 / 3307339.3342162

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Wilkinson, M. D., Dumontier, M., Aalbersberg, I.J., Appleton, G., Axton, M., Baak, A., et al. (2016). Справедливые руководящие принципы управления научными данными и рационального использования. Sci. Данные 3, 160018. doi: 10.1038 / sdata.2016.18

PubMed Реферат | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Zhang, Y., Chen, Q., Yang, Z., Lin, H., and Lu, Z. (2019). BioWordVec, Улучшение биомедицинских встраиваний слов с помощью информации о подсловах и MeSH. Sci. Данные 6, 52. doi: 10.1038 / s41597-019-0055-0

PubMed Реферат | CrossRef Полный текст | Google Scholar

справочников-аннотаций

Вернуться на главную страницу класса.

АННОТИРОВАННАЯ БИБЛИОГРАФИЯ

Срок сдачи: 24 февраля в лекционном классе .

Назначение: В составе вашего задания на групповые дебаты в конце семестра вам понадобится провести небольшое исследование по теме вашей дискуссии. Это задание поможет вам приступить к этому исследованию.

Ваша задача – предоставить аннотированный список использованной литературы не менее семи источников (не менее 2 научных, не менее минимум 4 печатных СМИ – см. ниже) , которые могут быть полезны для дебаты. Каждый человек в вашей группе должен составить и сдать отдельный список литературы (который, следовательно, не должен быть по существу идентичным).Перед дебатами вы соберетесь вместе со своими одноклассниками, чтобы решить какие ссылки на самом деле использовать в ваших дебатах и ​​кратком обзоре дебатов вашей команды. Аннотированная библиография будет засчитана как часть вашей оценки за наставника. раздел. Несвоевременное выполнение заданий повлечет за собой Штраф 10% за каждый календарный день опоздания.

Печатные и электронные носители: Печатные СМИ представляют собой все, что было опубликовано в печатной форме.Это это может быть новостной журнал, книга или журнальная статья. Электронные версии предметов опубликованные в печатных СМИ, можно рассматривать как «печатные СМИ». Вы необходимо найти не менее 4 упоминаний в печатных СМИ. Электронные носители включать все, что доступно только в Интернете или в электронном формате.

Ссылки в научных публикациях и в СМИ: научная ссылка – это тот, который имеет четко указанная дата и автор (или авторы), а также ссылка на цитаты или сноски.Примеры научных ссылок включают все журналы. статьи, некоторые книги и некоторые веб-источники. Научные ссылки – вот что вы и другие можете больше всего положиться; они представляют результаты исследования выполненный автором («первичное исследование») или синтез (с выводами) исследований, выполненных другими («вторичные исследования»). Любой ссылка, прошедшая процесс рецензирования (например, рецензии научных исследований, выполненных другими учеными) считается научным. Вы необходимо найти не менее 2 научных ссылок, которые можно распечатать СМИ (скорее) или электронные.

A Ссылка в СМИ все остальное; он обычно предназначен для публики и представляет либо мнение, либо обсуждение исследования, выполненного кем-то другим, чей основная цель – распространять информацию, а не делать выводы. Примеры включают большую часть материалов, доступных в Интернете, новостных журналах, и газеты.Некоторые из этих материалов могут быть очень полезны для обсуждения, но поскольку он представляет либо мнение, либо несколько оторван от оригинальные исследования, это менее надежный источник информации, чем научные исследовать.

Референтный лист: You следует использовать правильный формат ссылки для аннотированной библиографии. Этот означает алфавитный список (по фамилии автора), с висящим отступы абзацев.

Ссылки должны содержать:

– имя автора (если известно),
– дата публикации (если известна),
– название статьи,
– название журнала (курсивом) с объемом (жирным шрифтом) и номера страниц (если журнальная статья),
– названия книг, издатели и город издания (если книга),
– название газеты или информационного журнала.

Для веб-источников всегда указывайте URL-адрес и дату, когда вы получил доступ к нему. Также:

– если автор, но не указана дата, укажите дату как “без даты”.
– если автор не указан, используйте название статьи вместо этого в источнике.
– если заголовок не указан, придумайте подходящий для содержания.

Для каждой ссылки вы должны добавить несколько предложений, дайте свои комментарии о том, что говорится в ссылке, чем это может быть полезно для вашей дискуссии или чего-либо, что указывает на то, что вы поняли существенное идеи обращения и подумал над этим.За каждую ссылку, которую вы даете, укажите, является ли это СМИ или УЧЕБНО, и если это ПЕЧАТЬ.

ПРИМЕР Ниже приводится пример из девяти аннотированных ссылок. Первая аннотация будет выглядеть как-то вы бы действительно написали. Этот список удовлетворяет требованиям задание, дав не менее двух (в данном случае 3) научных ссылок, и не менее четырех (здесь 5) упоминаний в печатных СМИ. Актуальные ссылки имел бы висячие отступы (которые я не могу легко показать с помощью этого html code), что означает, что все строки, кроме первой, будут иметь отступ. Большинство приведенных ниже ссылок были найдены несколько лет назад, а ссылки может больше не работать. Это иллюстрирует одну из проблем с Интернет.

Андерсон М.К. (2002) По следам погоды. http://www.wired.com/news/technology/0,1282,52512,00.html?tw=wn_story_related . По состоянию на 3 ноября 2004 г. В этой ссылке обсуждается исследование, которое выполняется ученым, изучающим влияние инверсионных следов на погоду. Исследование показало, что был 1.На 2 градуса Цельсия большее колебание между дневная и ночная температура 11-12 сентября 2001 г., когда самолеты заземлен в США, по сравнению с обычным. Писатель кажется корреспондент, но отчет выглядит достаточно объективным, и есть настоящее имя ученого, учитывая, что я думаю, что информация в некоторой степени надежен. Результаты исследования, если они достоверны, иллюстрируют возможность действий людей изменить погоду, но не предоставить любую конкретную информацию о том, что климат меняется людьми. Я думаю, что эта веб-страница была интересной, но я бы не стал особо это в моих дебатах, но не нашел дополнительной информации. Это довольно коротко по специфике. СМИ.

Воздушные следы паров (2004) Воздушные паровые следы ‘могли вызвать глобальное потепление ».
http://breaking.examiner.ie/2004/04/29/story145192.html . Проверено 2 мая 2004 г. Это настоящая веб-ссылка без автора, но ссылка теперь не работает всего через несколько месяцев после того, как я зашел на страницу (иллюстрируя одну проблему с чисто электронными средствами массовой информации, и почему дату загрузки необходимо предоставить).Поскольку автор не был указан, я использовал вместо первой части названия. Это хороший пример электронного Обращение к СМИ с относительно небольшим объемом содержания. Кажется должны быть основаны на научных исследованиях, но не содержат многих деталей, которые легко приведет к этому исследованию. Обратите внимание, что, как и в других примерах приведенный здесь, я не использовал перенос слов для разделения URL-адреса. СМИ.

Черная сажа и снег: теплее Комбинация (2003) http: // www.giss.nasa.gov/research/stories/20031222/ . Проверено 2 мая 2004 г. Это актуальная веб-ссылка. Это пример веб-источника, который я бы назвал «СМИ», но основанный на солидной работе. Последнюю научную работу можно было легко найти. потому что он указан в веб-документе. На веб-сайте указано источник в правительстве США (НАСА) и имя ученого, выполнившего исследование. Хотя этот ученый связан с сайтом, он не является фактическим автором веб-документа, поэтому вместо этого я использовал заголовок автора за алфавитную позицию.И источник, и ученый название предполагает более высокую степень ответственности и репутации, чем предыдущие две ссылки. СМИ, но почти научные.

Хансен, Дж., И Л. Назаренко (2004) Воздействие сажи на климат через альбедо снега и льда. Proc. Natl. Акад. Sci. 101, 423-428, DOI: 10.1073 / pnas.2237157100, в печати. Вот фактическая ссылка на процитированное выше исследование. Обратите внимание, что бумага еще не был напечатан к моменту создания веб-страницы.Маленький Потребуется работа, чтобы найти эту статью, которая предположительно была опубликована. Что касается аннотаций, вы можете сказать, в чем суть статьи (что сажа, образующаяся при приземлении на лед, поглощает тепло из-за своего низкого альбедо, и тем самым приводит к таянию льда и потеплению атмосферы через положительный отзыв), может быть, как проводилось исследование, и как было найдено в частности, и будет ли эта информация полезна для вашей дискуссии, либо за, либо против.НАУЧНО, ПЕЧАТНЫЕ СМИ.

Боттомс Дж., Мэйджорс Д.Э. и А. Джонс (1997) Модели и безумие. Wow Books: Нью-Йорк. Это вымышленный пример книга. Я бы посчитал это научным, если он придет к некоторым выводам. на основе анализа проведенных исследований. НАУЧНО, ПЕЧАТЬ СМИ.

Мозги Я. и П. Смартс (1976) Системы ценностей девочек: A изучение личности и развития. Человеческое общество сегодня 56 , 37-49.Этот вымышленный образец журнала Статья – хороший пример первичного исследования. Это может быть очень технически. Вероятно, это было бы хорошей ссылкой, чтобы просто сказать, что ученые с хорошими полномочиями выполнили свою работу, но это также может быть хорошей идеей найти дополнительные работы в СМИ, в которых цитируется это исследование, и которые были бы легче усваивается. НАУЧНО, ПЕЧАТНЫЕ СМИ.

Мандельбаум Р. (2004). Гринмарк. Обнаружить 25 , 48-55.Это актуальная ссылка на печатные СМИ. Discover – это ежемесячная наука новостной журнал. Эта конкретная статья – хороший пример того, что имелось в виду для образованной публики; у него нет ссылок, но он охватывает много вопросов и содержит информацию, которая может быть полезна для обсуждения. Нет учетных данных дано автору, поэтому я бы предположил, что он какой-то репортер и По этой причине я мог бы не доверять этому источнику слишком много. Но материал предоставлено хорошо для обсуждения – достаточно подробностей, чтобы вникать в проблемы, без лишнего увязания.Если ваши соперники по дебатам этого не делают воспользуйтесь слабой репутацией автора, почему бы не воспользоваться это? СМИ, ПЕЧАТЬ.

Озоновая дыра (без даты) Озоновая дыра. http://www.theozonehole.com/ Проверено 2 мая 2004 г. Это актуальная веб-ссылка. Это хороший пример веб-источника без даты или автора. Он определенно разработан для широкая публика и это «СМИ». Я бы не стал полагаться на это, не получив резервное копирование, но вы можете использовать даже этот тип ссылки в своих дебатах если хотите.СМИ.

Яхрайт Б. (1988) Барби нереальная! О времени журнал 3 , 194-196. Эта фиктивная статья опубликована, но Судя по названию и названию журнала, это мнение написано для новостного журнала. Значит, это печатное СМИ. СМИ, ПЕЧАТНЫЕ СМИ.

План урока | Легкий доступ: создание аннотированных версий новостных статей

Текущие события

Обучающие идеи, основанные на материалах New York Times.

Обзор | Что вы делаете, когда читаете новость, но не понимаете ее? Как сделать освещение новостей более доступным для подростков и других читателей? На этом уроке учащиеся создают аннотированные версии статей Times с использованием надежных и увлекательных материалов для повышения интереса и понимания.Они также размышляют о том, что СМИ могут сделать, чтобы привлечь больше читателей.

Материалы | Компьютеры с доступом в Интернет.

Разминка | Раздайте учащимся следующую анкету из пяти вопросов об их новостях:

1. Как часто вы читаете газету (печатную или онлайн) или смотрите новости?
2. Как часто вы сталкиваетесь с новостями, содержащими незнакомые ссылки, которые мешают вашему интересу или пониманию истории?
3. Когда вам не хватает базовых знаний для новостной статьи, вы склонны пытаться узнать больше или перестать читать или смотреть историю?
4. Вы когда-нибудь искали информацию, когда читаете или смотрите новость? Если да, то какие ресурсы вы используете?
5. Что, если вообще что-либо – виды статей в газетах и ​​на газетных веб-сайтах, школьные мероприятия и т. Д. – могло бы побудить вас более внимательно следить за новостями?

После того, как студенты заполнили анкету, обсудите их ответы.Спросите: Появились ли какие-то тенденции? Как они думают, что могло бы помочь им читать и / или смотреть новости более регулярно? Что поможет им не заблудиться, когда читаете или смотрите более сложные новости? Как люди, работающие в СМИ, могут сделать новости более доступными для молодежи?

Связанные | В статье «Решение по Сирии для Белого дома остается недостижимым» исследуется, как администрация Обамы решает свои отношения с Сирией, учитывая происходящее там насилие, и приводится пример статьи, которую некоторые студенты могут счесть требовательной к прочтению из-за отсутствия контекста. или незнакомые ссылки (замените в другой статье по желанию или в соответствии с вашей учебной программой):

Администрация Обамы, встревоженная эскалацией насилия в Сирии и блокированием более жестких действий против сирийского правительства со стороны России и Китая в минувшие выходные, пообещала в воскресенье «удвоить усилия» чтобы отстранить президента Башара Асада от власти.

Однако сделать это без силы резолюции Совета Безопасности Организации Объединенных Наций может означать необходимость смотреть в другую сторону, поскольку другие страны вооружают сирийскую оппозицию, обеспечивая рецепт тотальной гражданской войны, говорят некоторые сирийские эксперты.

В воскресенье администрация Обамы попыталась уйти от вето, наложенного Россией и Китаем днем ​​ранее на резолюцию Совета Безопасности, поддерживающую план Лиги арабских государств по политическому урегулированию в Сирии.Секретарь Государство Хиллари Родэм Клинтон назвала вето «пародией».

Прочтите всю статью вместе со своим классом, используя приведенные ниже вопросы.

Вопросы | Для обсуждения и понимания прочитанного:

1. Что беспокоит администрацию Обамы в ситуации в Сирии?
2. Какие действия, предпринятые Советом Безопасности ООН, обеспокоили администрацию Обамы? Чем обеспокоена администрация?
3. Чего, как опасается администрация Обамы, ждет дальше в Сирии? Что заставляет их поверить в то, что это может произойти в будущем?
4. Что означает, что статья помечена как «новостной анализ»? Что сделало эту статью интересной для чтения? Вы заинтересовались этой темой?
5. Что сделало эту статью сложной для чтения? Что поможет вам лучше понять это?

СВЯЗАННЫЕ РЕСУРСЫ

Из обучающей сети

от NYTimes.com

В Интернете

Деятельность | Сделайте на доске две колонки. Назовите первый столбец «Мы знаем», а второй – «Мы еще не знаем». Попросите студентов поделиться тем, что они понимают по теме статьи после прочтения.Напишите их комментарии на доске в столбце «Мы знаем».

Затем предложите учащимся взглянуть на свой экземпляр статьи и выделить или обвести в кружок любые упомянутые в статье вещи, людей, события, места или идеи, значение которых они все еще не уверены.

После того, как у всех учащихся была возможность определить в статье моменты, которые вызывают у них неопределенность, попросите их поделиться тем, что они до сих пор не понимают.Запишите их идеи в столбце «Мы еще не знаем».

Затем объясните студентам, что они будут исследовать эти неопределенности, создав версию статьи с гипертекстовыми аннотациями, которая предоставляет читателям контекстную информацию, чтобы они могли легко ее найти. ответы на вопросы, которые возникают у них при чтении статьи. Гипертекстовый документ будет включать исходную статью со ссылками на такие источники, как другие статьи, функции и коллекции ресурсов, из оба NYTimes.com и в других местах в Интернете.

Их версия должна содержать объяснения различных исторических и современных идей, документов, людей и событий, упомянутых в статье. При желании аннотации могут включать как объективную, основанную на фактах информацию информативные визуальные эффекты, а также анализ и комментарии. Студенты должны быть осторожны при выборе конкретных источников для использования.

Перед занятием скопируйте текст статьи, которую только что прочитал ваш класс, в виде HTML-документа в средство публикации, такое как Dreamweaver или Wikispace.Одна стратегия переиздания статья с ее тегами HTML предназначена для просмотра документа по ссылке выше, выберите в браузере «Просмотр» и «Источник страницы», затем скопируйте и вставьте исходный документ в инструмент веб-публикации.

Если онлайн-технологии недоступны для вашего класса, подготовьте исходную статью крупным шрифтом, с двойным интервалом, распечатайте и приклейте на большой плакат. Затем попросите учащихся распечатать и прикрепить свои аннотации прикрепите к документу с помощью стрелок, кнопок или скотча.

Разделите класс на группы по два или три учащихся в каждой и назначьте каждой группе один раздел статьи для аннотации или попросите учащихся поработать в парах над одной и той же статьей, чтобы они могли позже сравнить то, что они сделали. Другой способ сделать это – назначить каждой команде разные недавние статьи по той же теме.

Предоставьте учащимся следующие предложения для исходного материала аннотаций:

• Определения терминов.
• Даты событий или документов.
• Карты или географические ссылки для событий или мест.
• Историческая и другая справочная информация по упомянутым событиям.
• Статистика или демографические данные, относящиеся к местоположениям или группам.
• Биографические данные ключевых игроков.
• Краткие истории упомянутых групп или организаций.
• Толкователи и информативная инфографика.
• Видеоклипы, слайд-шоу, фотографии, диаграммы и графики.
• Связанные новостные статьи и видеоматериалы.

Студенты также должны учитывать аудиторию, которую они имеют в виду, например обычных читателей New York Times, старшеклассников, учеников средней школы и т. Д.Вы можете направить их, приведя примеры. Например, в статье Что касается Сирии, аннотации могут включать карту Ближнего Востока и краткое объяснение того, кто такой Башар аль-Асад.

Если существует технология, позволяющая делать больше, чем просто предоставлять гиперссылки, студенты могут записывать аудио- или видеоклипы, в которых они объясняют термины и ссылки, а также предоставляют справочную информацию и контекст. Инструменты для создания мультимедиа включают SoundCloud и Tout.

Группы должны начать с чтения статьи, выделения элементов, которые они будут аннотировать, и присвоения конкретных ссылок членам группы перед началом исследования.

Вы можете предоставить студентам список исследовательских ресурсов и стратегий, чтобы они могли начать работу, в том числе NYTimes.com. и страницы Times Topics, а также надежные ресурсы в Интернете.Посоветуйте студентам быть внимательными и творческими.

Перед окончанием урока убедитесь, что каждый учащийся знает, что им нужно узнать, чтобы заполнить аннотации, за которые они несут ответственность.

Продолжаем | По отдельности учащиеся готовят свои аннотации и приносят их в класс для объединения в основной документ.

Когда аннотированные версии будут готовы, попросите класс изучить их все, а затем обсудить в группе, повлияло ли и как это задание повлияло на то, как учащиеся думали о насыщенных новостях.Как могут новостные агентства сделать новости доступными для новичков?

При желании учащиеся пишут письма в новостное агентство по своему выбору, предлагая способы сделать новости, которые они сообщают, более доступными для читателей, которым не хватает базовых знаний.

Стандарты | Этот урок соотносится с национальными стандартами McREL (он также может быть согласован с новыми государственными стандартами Common Core):

Всемирная история
44.Понимает поиск сообщества, стабильности и мира во взаимозависимом мире.

География
6 Понимает, что культура и опыт влияют на восприятие людьми мест и регионов.
10. Понимает природу и сложность культурного мозаики.
13. Понимает силы сотрудничества и конфликта, которые формируют части земной поверхности.

Поведенческие исследования
1. Понимает, что групповые и культурные влияния способствуют человеческому развитию, идентичности и поведению.

Language Arts
1. Демонстрирует компетентность в общих навыках и стратегиях письменного процесса.
4. Собирает и использует информацию в исследовательских целях.
5. Использует общие навыки и стратегии процесса чтения.