Текст научная статья: Структура научной статьи

(No announcements have been posted yet. )

Использование и неправильное использование дополнительных материалов в научных публикациях | BMC Биоинформатика

• Редакция
• Открытый доступ
• Опубликовано: 03 ноября 2015 г.

• Михай Поп ¹ и
• Стивен Л. Зальцберг ²  

Биоинформатика BMC том 16 , Номер статьи: 237 (2015) Процитировать эту статью

• 21 тыс. обращений

• 27 цитирований

• 104 Альтметрический

• Сведения о показателях

Abstract

Дополнительный материал является повсеместной особенностью научных статей, особенно в журналах, которые ограничивают объем статей. В то время как разумное использование дополнительного материала может улучшить читабельность научных статей, его чрезмерное использование угрожает процессу научного рецензирования и, соответственно, целостности научной литературы. Во многих случаях дополнительный материал сегодня настолько обширен, что его рассматривают поверхностно или вообще не рассматривают. Кроме того, цитаты, спрятанные в дополнительных файлах, лишают других ученых признания их вклада в научные записи. Эти проблемы усугубляются отсутствием руководства по использованию дополнительной информации из журналов для авторов и рецензентов. Мы предполагаем, что снятие искусственных ограничений длины и использование интерактивных функций, ставших возможными благодаря современным электронным средствам массовой информации, могут помочь решить эти проблемы. Фактически многие журналы уже сняли ограничения на длину статьи (как в случае с BMC Bioinformatics и другими журналами BioMed Central). Мы надеемся, что вопросы, поднятые в нашей статье, побудят издателей и ученых к совместной работе над более эффективным использованием дополнительной информации в научных публикациях.

Введение

Дополнительный материал широко используется в научных статьях. Например, в последних выпусках Science и Nature каждая статья содержит дополнительную информацию (данные и/или текст), которой нет в печатной версии журнала. В основном используемый для обхода ограничений по количеству страниц, установленных журналами, дополнительный материал может в некоторых случаях помочь улучшить презентацию, даже в статьях, не подпадающих под ограничения по объему. Например, в рукописи может быть представлен общий обзор методов, использованных в анализе, в то время как подробные технические описания методов (необходимые для обеспечения воспроизводимости) могут быть отнесены к онлайн-приложению. В результате история, представленная в основной рукописи, может быть изложена более сжато и ясно, но при этом позволяет заинтересованным читателям углубиться в детали анализа. При правильном использовании дополнительный материал, доступный в качестве интерактивного дополнения к статье, предоставляет научным авторам и издателям средства для достижения компромисса между удобочитаемостью и воспроизводимостью.

В то же время использование дополнительных материалов вызывает ряд важных вопросов и опасений. Каков правильный баланс между основным текстом и дополнительной информацией? Как оценивается научная достоверность и актуальность дополнительного материала в процессе рецензирования? Каков наилучший способ связать дополнительную информацию с основной статьей?

Зачем нужен дополнительный материал? Почему это проблема?

Использование дополнительных материалов, как правило, шире в журналах, которые устанавливают ограничение на количество страниц. Сравните, например, работы, опубликованные в Bioinformatics (журнал, в котором строго контролируется длина рукописи) и BMC Bioinformatics (журнал без ограничений по количеству страниц). В то же время широкое использование дополнительного материала отнюдь не редкость даже в журналах, не накладывающих ограничений на объем рукописи. Одним из уважительных «оправданий» является потребность в краткости основной рукописи; однако, если попытка втиснуть основные выводы в ограниченное пространство связана с недостатком внимания к дополнительной информации, результат может в конечном итоге снизить ясность всей презентации. Как это ни парадоксально, несмотря на большое количество информации, а может быть, и из-за большого количества информации, часто доступной в приложении, поиск и извлечение конкретных моментов из приложения может быть очень трудным, особенно когда дополнительный материал фактически является набором всех анализов, которые не были сделаны. его в основной документ.

Даже беглое изучение статей, опубликованных в ведущих журналах, показывает, в какой степени дополнительный материал используется в нашей области (сводка по 10 наиболее часто цитируемым статьям в 7 научных журналах представлена ​​в дополнительном файле 1). Можно легко найти крайности, такие как эти две статьи, опубликованные в Science : первая, 2010 г., Werren et al . [1], представляет собой 6-страничную статью, сопровождаемую 165 страницами дополнительных материалов. Второй, статья Мейера 2012 г. и др. . [2] представляет собой 5-страничную статью со 144 страницами дополнительных материалов, а также электронную таблицу с шестью дополнительными дополнительными таблицами. В [1] почти половина (71 страница) дополнительных материалов содержит текст, подтверждающий (или расширяющий) информацию, изложенную в основной рукописи. Помимо основного текста, дополнительный материал включал 210 цитат, что в 5 раз больше, чем цитат в основной рукописи. В [2] дополнение организовано в виде 20 отдельных «Примечаний», каждое из которых имеет отдельный список авторов и отдельных первых авторов и авторов-корреспондентов из основной статьи. Включено 168 цитат, в то время как в основной статье всего 28. Эти наблюдения вызывают беспокойство по нескольким причинам; во-первых, цитирование в дополнительном материале не отслеживается индексами цитирования [3]. В дополнительных ссылках обычно цитируются методы, которые имели решающее значение для публикуемого исследования. В результате важная часть работы не получает надлежащего признания — тревожное наблюдение, учитывая все более широкое использование количественных показателей воздействия (число цитирований, импакт-факторы и т. д.) при принятии решений о продвижении и финансировании. Кроме того, наука продвигается вперед за счет постепенного добавления знаний к существующей совокупности работ, и надлежащее признание предыдущей работы является фундаментальной чертой научной практики. Мы не первые, кто делает это наблюдение (см. [3–5]), однако, насколько нам известно, ни издатели, ни научное сообщество не предприняли никаких шагов для исправления ситуации. Если цитирование в дополнительном материале должно быть разрешено, оно должно быть надлежащим образом отслежено с помощью индексов цитирования – невозможное предложение сегодня, учитывая, что большинство журналов не предоставляют должным образом отформатированные онлайн-цитирования для вспомогательной информации.

На самом деле, большинство журналов практически не предоставляют указаний относительно использования ссылок в дополнительных материалах, во многих случаях потому, что первоначальная цель таких материалов состояла в том, чтобы добавить данные (такие как более подробные таблицы, рисунки, видеоролики). и т. д.), а не вспомогательный текст. Science был единственным из нескольких журналов, которые мы рассмотрели, в котором четко обсуждался вопрос о ссылках в дополнительных материалах в то время, когда мы изначально писали эту статью. Природа с тех пор также разъяснила свою политику. Наука требует, чтобы все ссылки в дополнительном материале были включены в основной список литературы: « Ссылки, цитируемые только в дополнительном материале, должны быть включены в конец справочного раздела основного текста, а нумерация ссылок должна продолжаться, как если бы Дополнительные материалы являлись продолжением основного текста» [6]. Эта политика, хотя и кажется полезной, не соблюдается, как показано в статьях, обсуждавшихся выше [1, 2]. Nature в настоящее время явно не поощряет использование ссылок в дополнительных материалах: « Пожалуйста, обратите внимание, что мы не поощряем размещение ссылок в рамках SI, поскольку они не будут активными ссылками и не будут способствовать цитированию соответствующих статей. Авторы, которые тем не менее желают разместить списки литературы, должны продолжить нумерацию с последней ссылки, указанной в печатной версии, а не повторять нумерацию в печатной версии» [7]. На самом деле оба Наука и Природа строго ограничивают количество ссылок, которые могут появляться в печати, что прямо противоречит самой сути науки. Учитывая, что рекомендации могут быть предоставлены онлайн практически бесплатно, эти правила необходимо изменить.

Рецензируется ли дополнительный материал?

Большинство журналов просят рецензентов оценить дополнительный материал, чтобы определить, нужна ли информация, или проверить ее на предмет научной точности. Например, в журнале Наука , в инструкциях для авторов четко указано: « Чтобы быть принятыми к публикации, дополнительные материалы должны быть важны для научной достоверности и превосходства статьи. Материал подлежит тем же редакционным стандартам и процедурам рецензирования, что и печатное издание» [6]. В то же время многие другие журналы не предоставляют рецензентам никаких указаний, тем самым поощряя специальную практику рецензирования, которая в конечном итоге зависит от собственных решений каждого рецензента.

Несмотря на инструкции, которые некоторые журналы дают рецензентам, дополнительные материалы рецензируются редко, особенно когда объем дополнительного текста намного превышает объем публикуемой статьи. Об этом хорошо свидетельствуют выделенные выше рукописи [1, 2], которые являются лишь двумя примерами среди тысяч рукописей, представляемых каждый год с объемными приложениями. Несмотря на то, что инструкции для авторов журнала Science требуют, чтобы все элементы в дополнительных материалах имели соответствующие ссылки из основного текста, в Werren et al. [1] только 9из 25 дополнительных рисунков и 17 из 58 дополнительных таблиц прямо упоминаются в основной статье. На все 71 страницу дополнительного текста ссылаются через одну цитату из основного текста (цитата 6 в статье), что затрудняет для заинтересованного читателя или рецензента даже поиск конкретного раздела, на который делается ссылка. Тот факт, что эта статья игнорирует собственную политику журнала, убедительно свидетельствует о том, что ни рецензенты, ни редакторы тщательно не оценивали дополнительный материал. Мы не хотим выделять эту статью; на самом деле, мы бы сказали, что этот пример типичен для большинства громких статей, публикуемых сегодня.

Это тревожное наблюдение, поскольку оно предполагает возможность того, что фундаментальные ошибки в методах или анализах, спрятанные в дополнительных файлах, могут остаться незамеченными, что поставит под сомнение научную точность и достоверность опубликованных статей.

Легко ли использовать дополнительный материал?

Основная цель дополнительных материалов — предоставить дополнительную полезную информацию, которая поддерживает и дополняет основной текст. Помимо рисунков, наиболее распространенной формой дополнительной информации являются таблицы, детализирующие данные, представленные в основном тексте. Эти таблицы часто обширны и содержат, например, информацию о большом наборе генов в организме. Такая информация наиболее полезна для читателей в машиночитаемом формате (например, в виде простых текстовых файлов, разделенных табуляцией или запятыми, или в обычном формате электронных таблиц). Однако во многих случаях дополнительные таблицы предоставляются только в формате PDF, что существенно затрудняет использование этих данных исследователями, пытающимися воспроизвести опубликованные результаты.

Кроме того, как мы уже отмечали выше, основной текст часто плохо интегрирован с вспомогательной информацией, содержащейся в дополнительных материалах. Читателям часто приходится просеивать десятки или сотни страниц текста, чтобы найти информацию, на которую в основном тексте просто ссылаются как на «см. дополнительный материал».

Путь вперед

Описанная выше ситуация просто неприемлема в современном технологически развитом мире. Ограничения, накладываемые на объем статей и соответствующие им ссылки, почти полностью проистекают из ограничений бумажной публикации. Хотя они имели смысл на протяжении большей части 20-го века, сегодня они не имеют никакого смысла, искажают и даже ставят под угрозу научный процесс. В 21 веке все меньше и меньше ученых просматривают бумажные копии журналов. Хотя можно утверждать, что дополнительный материал может помочь улучшить представление статей, особенно в электронной форме, чрезмерное и в значительной степени нерегулируемое использование дополнительного материала вредит науке. Как мы обсуждали выше, научное качество и достоверность дополнительных файлов редко оцениваются в процессе рецензирования. Кроме того, перекрестные ссылки на предшествующие работы являются жизненно важным компонентом научных усилий, однако вклад многих ученых остается непризнанным, глубоко погребенным в дополнительных файлах и не отслеживается индексами цитирования. Эта ситуация несоразмерно влияет на ученых, разрабатывающих аналитические методы, которые во многих отношениях сделали возможной нынешнюю научную революцию. Авторы, рецензенты и журналы должны обеспечить адекватное признание в каждой научной статье всех предшествующих работ, имеющих отношение к публикуемому исследованию.

Повсеместное использование электронных средств массовой информации в современных научных публикациях дает возможность лучше интегрировать дополнительный материал с основной статьей. В частности, мы предлагаем, чтобы дополнительные пункты, независимо от формата, были напрямую связаны гиперссылками с самого текста. Такие ссылки должны относиться к конкретным разделам дополнительного материала, а не к полному дополнительному тексту. Механизмы для предоставления таких ссылок доступны практически во всех широко используемых текстовых процессорах, а также в широко используемых средствах отображения (HTML, PDF и т. д.), что не требует создания дополнительной инфраструктуры. Доступность дополнительной информации «одним щелчком мыши» не только значительно повысит полезность опубликованных научных статей, но и повысит вероятность того, что дополнительный материал будет адекватно оценен в процессе рецензирования.

Некоторые журналы уже предприняли шаги по обеспечению богатого интерфейса для своих статей, и во многих случаях дополнительные таблицы, рисунки или другие медиа-материалы снабжены надлежащими гиперссылками непосредственно из рукописи. В PNAS, например, онлайн-статьи представлены в многофункциональном формате, который включает в себя несколько полезных интерактивных элементов: (i) при наведении указателя мыши на цитату извлекается цитата во всплывающем виджете; (ii) рисунки и ссылки на таблицы имеют гиперссылки на фактический элемент отображения; (iii) файлы, содержащие дополнительные таблицы и другие данные, имеют прямую гиперссылку из рукописи, что позволяет читателям загружать эти элементы одним щелчком мыши. В PNAS эти функции также сохраняются в версиях статей в формате PDF, и, кроме того, дополнительный материал автоматически включается в загружаемый PDF-файл. В большинстве других журналов дополнительные материалы необходимо загружать отдельно.

Кроме того, мы считаем, что удаление произвольных ограничений на размер статьи, по крайней мере, для онлайн-версий статей, окажет важное влияние на устранение искусственного различия между дополнительным материалом и основным текстом рукописи. Примером интересного компромисса в этом направлении является Nature Methods , где статьи сопровождаются разделом «Онлайн-методы», который появляется как в онлайн-версии статьи, так и в загруженном PDF-файле.

В нашем обсуждении выше мы выделили две рукописи, опубликованные в Science , в первую очередь потому, что Science — один из немногих журналов, предоставляющих авторам и рецензентам четкие инструкции относительно дополнительных материалов, однако статьи, опубликованные в этом журнале, часто злоупотребляют приложениями. Более обширный анализ дополнительных материалов из разных журналов выходит за рамки этой редакционной статьи, однако заинтересованные читатели могут ознакомиться с таким анализом, недавно проведенным для журналов по науке об окружающей среде [5], а также с нашим собственным обзором 70 часто цитируемых статей по геномике из 7 различных источников. журналы (Дополнительный файл 1: Таблица S1).

Учитывая широкое использование дополнительных материалов и потенциальный вред, который они наносят науке, крайне важно, чтобы все научные журналы разработали четкие и последовательные правила использования и обзора дополнительных материалов. Некоторые первоначальные рекомендации по использованию дополнительных материалов были недавно изложены в отчете Национальной организации информационных стандартов и Национальной федерации передовых информационных служб [8], но эти рекомендации все еще нуждаются в реализации и уточнении для обеспечения этического и последовательного использования. дополнительный материал по нашей дисциплине. Мы надеемся, что наша статья побудит ученых и издателей внести крайне необходимые изменения в способы оценки и использования дополнительных материалов в научных публикациях.

Ссылки

1. Werren JH, Richards S, Desjardins CA, Niehuis O, Gadau J, Colbourne JK, et al. Функциональные и эволюционные выводы из геномов трех видов паразитоидов Nasonia. Наука. 2010; 327:343–8.

   Артикул КАС пабмед Google Scholar

2. Мейер М., Кирхер М., Гансауг М.Т., Ли Х., Расимо Ф., Маллик С. и др. Последовательность генома с высоким охватом архаичного денисовца. Наука. 2012; 338: 222–6.

   Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

3. Seeber F. Ссылки в дополнительной информации невидимы. Природа. 2008; 451:887.

   Артикул КАС пабмед Google Scholar

4. Weiss MS, Einspahr H, Baker EN, Dauter Z, Kaysser-Pyzalla AR, Kostorz G, et al. Цитаты в дополнительных материалах. Acta crystallographica Раздел D, Биологическая кристаллография. 2010;66:1269–70.

   Артикул КАС пабмед Google Scholar

5. Кеньон Дж., Спраг Н.Р.: Тенденции использования дополнительных материалов в журналах по науке об окружающей среде. Issues in Science and Technology Librarianship 2014.

6. Научные инструкции для авторов [http://www.sciencemag.org/site/feature/contribinfo/prep/prep_online.xhtml]

7. Nature инструкции для авторов [http: //www.nature.com/nature/authors/submissions/final/suppinfo.html]

8. NISO/NFAIS: Рекомендуемая практика для онлайн-дополнительных журнальных материалов: Национальная организация информационных стандартов и Национальная федерация передовых информационных служб. ; NISO RP-15-2013 2013.

Ссылки на скачивание

Благодарности

На создание этой статьи вдохновила оживленная дискуссия с Жюльеном Тапом. Мы также хотели бы поблагодарить Emmanuelle LeChatelier, Edi Prifti и Eduardo Rocha за комментарии и предложения по рукописи.

Информация об авторе

Авторы и организации

1. Департамент компьютерных наук и Центр биоинформатики и вычислительной биологии, Университет Мэриленда, Колледж-Парк, Мэриленд, 20742, США

   Михай Поп

5 – Институт генетической медицины Натанса, Медицинский факультет Университета Джона Хопкинса, Балтимор, Мэриленд, 21205, США

Стивен Л. Зальцберг

Авторы

1. Mihai Pop

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

2. Steven L. Salzberg

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

Автор, ответственный за корреспонденцию

Михай Поп.

Дополнительный файл

Дополнительный файл 1:

Электронная таблица, содержащая сводную статистику использования дополнительных материалов в 7 научных журналах. Представлены данные по 10 статьям по геномике из каждого журнала, отобранного на основе количества цитирований в 2010–2011 гг.

Права и разрешения

Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с лицензией Creative Commons Attribution (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0), которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение в любых средний, при условии, что оригинальная работа правильно указана. Отказ от права Creative Commons на общественное достояние (http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/) применяется к данным, представленным в этой статье, если не указано иное.

Перепечатки и разрешения

Об этой статье

Что такое научный текст?

Что
научный текст?

Научный текст пишется исследователем, чтобы представить результаты своего исследования или обобщить исследования других. В зависимости от предмета, в рамках которого проводится исследование, публикации осуществляются по-разному. В определенных предметных областях чаще публикуются статьи, в то время как публикация результатов в книгах является более распространенной практикой в ​​​​других областях.

Научные статьи и журналы

В научной статье один или несколько исследователей пишут и представляют свои исследования. Научная статья публикуется в научном журнале. Это означает, среди прочего, что статьи рецензируются другими исследователями. Такой процесс рецензирования обычно называют рецензированием или рецензированием.

Советы

Поиск научных статей

• В большинстве баз данных библиотеки вы можете нажать «Рецензирование» или «Научные журналы», чтобы ограничить поиск рецензируемыми статьями.

Лучшие поисковые системы для поиска научных текстов

Я нашел статью.

академическим?

• Научная статья часто (но не всегда) содержит следующие элементы:
  вводное резюме (аннотация), введение, метод, результаты, обсуждение, ссылки.
• Найдите название журнала в Journals A–Z. Академические журналы имеют пометку «Рецензируется».
• Вы все еще не уверены, является ли статья научной? Следуйте инструкциям в нашем руководстве!

Поиск научных статей в Libsearch

Самый простой способ найти научную статью

Самый простой способ найти научную статью

Если вы хотите быстро найти пару научных статей, Libsearch — отличное место для начала. Введите слово или два для поиска, и когда вы выполнили поиск, просто установите флажок «Научная и экспертная оценка» в меню. В этом коротком фильме мы более подробно объясним, как это сделать!

Другие типы научных текстов

Результаты исследований также могут быть представлены иначе, чем в форме статьи.